Prezes Izby Jacek Jezierski zaznaczył na wstępie, że największy jego niepokój budzą trzy rozwiązania: zaproponowany przez posłów sposób powoływania i odwoływania wiceprezesów NIK, udział polityków (przedstawicieli marszałka Sejmu) w komisjach konkursowych wyłaniających dyrektorów i wicedyrektorów Izby oraz zewnętrzny audyt NIK.
Zdaniem Prezesa Jezierskiego możliwość powołania wiceprezesów Izby przez Marszałka Sejmu, bez wcześniejszego - jak dotąd - wniosku Prezesa, będzie prowadzić do upolitycznienia NIK, podobnie jak udział polityków w komisjach konkursowych. Prezesa niepokoi też brak katalogu wymogów i zarazem warunków, po spełnieniu których można by wiceprezesa odwołać. Niedookreślony audyt NIK, zlecany przez marszałka Sejmu zewnętrznym podmiotom może zaś, według Jezierskiego, spowodować nieuprawnioną ingerencję w ustalenia kontroli.
W dyskusji jako pierwszy zabrał głos były prezes NIK, a obecnie poseł sprawozdawca nowelizacji ustawy o NIK Mirosław Sekuła. Powiedział, że zmiany w ustawie zasadniczo spowodowane były chęcią dostosowania jej (ustawa pochodzi z 1994 roku) do wymogów Konstytucji. Sekuła zaznaczył, że większość parlamentarna na pewno nie zrezygnuje z poprawienia procedury kontrolnej. Wiąże się to z wprowadzeniem jednego dokumentu pokontrolnego w miejsce dwóch dotychczasowych. Takie rozwiązanie, zdaniem posła Sekuły, pozwala kontrolowanemu na równoczesne zapoznanie się nie tylko z ustaleniami kontrolera, ale także z wynikającymi z nich ocenami. Mirosław Sekuła podkreślił, że zaproponowana kadencyjność na stanowiskach dyrektorów NIK jest lepszym rozwiązaniem, niż dotąd obowiązujące mianowanie na czas nieokreślony.
Europoseł i były prezes NIK Janusz Wojciechowski stwierdził, że nowelizacja ustawy prowadzi do naruszenia fundamentów niezależności NIK: procedury kontrolnej i stabilnych warunków zatrudnienia dla kontrolerów oraz nadzorujących ich dyrektorów.
Arkadiusz Czartoryski, przewodniczący sejmowej Komisji do Spraw Kontroli Państwowej wyraził pogląd, że tak głęboka nowelizacja nie znajduje uzasadnienia w rzeczywistości. NIK jest bowiem dobrze oceniana zarówno przez parlament, jak i przez opinię publiczną i zdaniem Czartoryskiego nie ma powodu, aby naruszać filary jej funkcjonowania.
Poseł Marek Cebula z PO bronił zaproponowanych przez siebie poprawek dotyczących powoływania i odwoływania wiceprezesów oraz udziału polityków w komisjach konkursowych. Powiedział, że przygotowywany jest pakiet poprawek, które uczynią te rozwiązania bardziej racjonalnymi. Janusz Krasoń z SLD mówił o konieczności doprecyzowania zapisów na temat audytu zewnętrznego. Zdaniem Krasonia konkursy i kadencyjność dyrektorów są propozycjami sensownymi, natomiast sposób powoływania i odwoływania wiceprezesów oraz udział polityków w komisjach konkursowych to rozwiązania, które idą za daleko.
Profesor dr hab. Wojciech Katner z Uniwersytetu Łódzkiego przekonywał, że dotychczasowa procedura zakładająca dwa dokumenty kontrolne - protokół (ustalenie stanu faktycznego) i wystąpienie (oceny) - lepiej realizuje zasadę kontradyktoryjności, bowiem pozwala kontrolowanemu aż dwukrotnie wnieść zastrzeżenia: po ustaleniu stanu faktycznego oraz po zapoznaniu się z ocenami. Wprowadzenie jednego dokumentu zredukuje kontradyktoryjność procesu kontrolnego.
Profesor Paweł Sarnecki z Uniwersytetu Jagiellońskiego podkreślił, że zapisy konstytucyjne określające NIK jako organ kontroli państwowej wskazują, że Izba prowadzi kontrole w imieniu całego państwa i wszystkich jego obywateli i w tym podstawowym znaczeniu jest organem samodzielnym, a podległość Sejmowi nie może naruszać istoty samodzielności (potwierdził to Trybunał Konstytucyjny).
Dr Ryszard Piotrowski z Uniwersytetu Warszawskiego wytknął posłom, że w nowelizacji nie widać żadnej myśli przewodniej. Zdaniem Piotrowskiego nie wiadomo dlaczego posłowie zaproponowali takie, a nie inne zmiany. - Prezes musi mieć możliwość odwoływania swoich zastępców, aby racjonalnie i sprawnie zarządzać Izbą - powiedział Piotrowski. Skrytykował też zastosowanie mechanizmu kadencyjności wobec dyrektorów NIK. Zdaniem Piotrowskiego kadencyjność to mechanizm rodem ze świata polityki, który nie pasuje do urzędników państwowych, jakimi są kontrolerzy. - Audyt, nawet ograniczony do sfery finansowej, naruszy konstytucyjną samodzielność NIK - ostrzegł Piotrowski.
Na zakończenie dyskusji - z udziałem członków kolegium NIK, przedstawicieli świata nauki, posłów z komisji do Spraw Kontroli Państwowej oraz pracowników NIK - głos zabrał prezes Izby. Jacek Jezierski podziękował wszystkim uczestnikom seminarium i wyraził przekonanie, że może jeszcze uda ukształtować się tak przepisy nowelizacji, aby dobrze służyły kontroli państwowej.