Tematyka audytów NIK jest wyznaczana na kolejne trzy lata przez główne kierunki kontroli. Obok nich funkcjonują jeszcze trzy zasady, które są niezbędnym elementem każdej kontroli planowej. Dzięki nim od 2009 r. audyty NIK, niezależnie od ich tematu, weryfikują dodatkowo kontrolowany obszar pod względem możliwości wystąpienia korupcji, funkcjonowania systemu kontroli wewnętrznej oraz wypełniania obowiązków wynikających z członkostwa Polski w UE.
Walka z korupcją to jedno z priorytetowych zadań Izby. W toku każdej kontroli, zwłaszcza tam, gdzie interes publiczny styka się z prywatnym, badane jest ryzyko wystąpienia tego zjawiska. Działania NIK mają głównie charakter prewencyjny. Sygnalizują potrzebę podjęcia przez państwo działań zaradczych. Ważną konsekwencją wyników kontroli Izby w tym obszarze jest lokalizacja luk w prawie, które mogą prowadzić do korupcji systemowej. W każdym z takich przypadków NIK zgłasza propozycje uszczelniania systemu prawnego.
System kontroli wewnętrznej pomaga każdej instytucji w osiągnięciu pełnej sprawności działania. Jeśli funkcjonuje poprawnie, to ewentualne nieprawidłowości i błędy wraz z przyczynami ich powstania są na bieżąco usuwane. Właśnie dlatego od kilku lat ważnym elementem każdej kontroli NIK jest analiza funkcjonowania tego systemu w instytucjach państwowych.
Wszędzie tam, gdzie analiza przedkontrolna wykaże taką konieczność, włączany jest do audytu aspektu unijny. To trzecia zasada każdej kontroli NIK. Inspektorzy weryfikują, jak instytucje państwowe radzą sobie z wypełnianiem praw i obowiązków związanych z członkostwem Polski w UE. Ta zasada zbiega się z jednym z głównych, obowiązujących obecnie w NIK kierunków kontroli, który brzmi Polska w Unii Europejskiej.
