Organy rewizji i inspekcji, działające w administracji rządowej i samorządzie terytorialnym, mają możliwość współpracy z Najwyższą Izbą Kontroli. Mają też względem Izby pewne obowiązki. Należy do nich udostępnianie wyników przeprowadzonych przez siebie kontroli, udział we wspólnych audytach oraz kontrole doraźne na zlecenie NIK.
Badania przeprowadzane przez inne wyspecjalizowane organy kontroli to dla NIK cenne źródło wiedzy. Jak Izba je wykorzystuje? Są one przydatne już w procesie planowania audytu ponieważ wskazują, co w państwie wymaga wzmożonego nadzoru. Stanowią także materiał pomocniczy przy opracowywaniu programów kontroli i mogą być dowodem w prowadzonym postępowaniu. W toku kontroli specjalnych stref ekonomicznych Izba zwróciła się np. do Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego o udostępnienie wyników kontroli w Agencji Rozwoju Przemysłu SA odział w Tarnobrzegu. Otrzymane informacje potwierdziły i udokumentowały ustalenia Izby dotyczące samowoli budowlanej w podstrefie ekonomicznej w Radomiu. W kontroli dotyczącej zakupów sprzętu i finansowania badań klinicznych NIK wykorzystała z kolei ustalenia kontroli Urzędów Skarbowych we Wrocławiu i Oławie w zakresie rozliczeń podatkowych z tytułu umów zawartych na badania kliniczne.
Ustawa o NIK daje także Izbie prawo do przeprowadzania kontroli wspólnie z inną instytucją. Audyt taki realizowany jest na podstawie programu stworzonego przez NIK i pod jej kierownictwem. W kontrolę koncesji na wydobywanie kopalin zaangażowane były wybrane Okręgowe Urzędy Górnicze. W kręgu zainteresowań inspektorów z obu instytucji znalazła się m.in. zgodność z prawem działalności wydobywczej przedsiębiorców, a także skuteczność kontroli prowadzonych przez nadzór górniczy oraz organy koncesyjne. Wielkopolski Wojewódzki Inspektor Farmaceutyczny w Poznaniu przeprowadził pod kierownictwem NIK kontrolę apteki szpitalnej Szpitala Klinicznego Przemienienia Pańskiego Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu. Sprawdzono tam prawidłowość i bezpieczeństwo obrotu próbkami do badań klinicznych, produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi, w szczególności środkami odurzającymi i psychotropowymi. Do współpracy między instytucjami doszło w ramach audytu finansowania badań klinicznych.
NIK może także zlecać kontrole wymienionym w ustawie organom. Robi to w kilku przypadkach: gdy ze względu na zakres audytu nie może zbadać zaistniałych nieprawidłowości, nie ma uprawnień do badania danego obszaru lub z innych powodów nie ma możliwości podjęcia audytu we własnym zakresie. W kontroli dotyczącej stanu technicznego budynków szpitalnych wykorzystano wyniki inspekcji przeprowadzonych na zlecenie NIK przez służby nadzoru budowlanego, Państwowej Straży Pożarnej oraz powiatowych inspektoratów sanitarnych. W ten sposób stan techniczny budynków, zabezpieczenia przeciwpożarowe oraz stan sanitarno-higieniczny pomieszczeń zweryfikowane i ocenione zostały przez specjalistów.
