NIK od lat współpracuje z Narodowym Urzędem Kontroli Litwy na wielu płaszczyznach, między innymi w ramach Inicjatywy Krajów Trójmorza, współpracy NOK krajów bałtyckich i nordyckich oraz w związku z kontrolą projektu budowy linii kolejowej Rail Baltica. Rozmowy Prezesa NIK Mariana Banasia z Audytorem Generalnym Litwy, Mindaugasem Macijauskasem dotyczyły m.in. aktualnych przedsięwzięć realizowanych w Zarządzie EUROSAI, działań Inicjatywy Krajów Trójmorza.
Trójmorze to inicjatywa gospodarczo-polityczna skupiająca 12 państw Unii Europejskiej położonych w pobliżu Bałtyku, Adriatyku i Morza Czarnego. Prezesi Marian Banaś i Mindaugas Macijauskas rozmawiali o zaplanowanym na październik w Polsce spotkaniu prezesów NOK państw Inicjatywy, a także o zastosowaniach technik informatycznych w prowadzonych kontrolach. Przedyskutowali też możliwości podjęcia kolejnych wspólnych kontroli przez NOK Polski i Litwy. Na zakończenie wizyty Prezes NIK złożył kwiaty na miejscu, w którym spoczywa serce marszałka Józefa Piłsudskiego na cmentarzu wojskowym przed wejściem na Rossę oraz na grobie drugiego Prezesa NIK Jana Żarnowskiego, który objął urząd w 1921 r., po śmierci Józefa Higersbergera.
Kontrolerzy NIK i Narodowego Urzędu Kontroli Litwy przeprowadzili wiele kontroli równoległych, m.in. dotyczących wdrażania postanowień Konwencji o Ochronie Środowiska Morskiego Obszaru Morza Bałtyckiego (Konwencji Helsińskiej); bezpieczeństwa związanego z chorobami epidemicznymi zwierząt (epizootia) w Polsce, na Litwie i Słowacji (w 2010 r.), kontrolę równoległą parków narodowych, której koordynatorem był litewski NOK (w 2012 r. w kontroli uczestniczyły także NOK Chorwacji i Bułgarii).
Kontrolerzy z Litwy wspólnie z kontrolerami z NOK Danii, Austrii i Holandii przeprowadzili w 2012 r. przegląd partnerski NIK, a w skład zespołu ekspertów wchodził obecny Audytor Generalny Litwy, pan Mindaugas Macijauskas. Narodowy Urząd Kontroli Litwy razem z NIK uczestniczył w przeglądzie partnerskim NOK Węgier, który zakończył się w 2016 roku. W 2018 r. kontrolerzy NIK wraz z ekspertami z Europejskiego Trybunału Obrachunkowego i brytyjskiego Narodowego Urzędu Kontroli Zjednoczonego Królestwa przeprowadzili przegląd partnerski Narodowego Urzędu Kontroli Litwy.
W 2017 prezesi NIK i Narodowego Urzędu Kontroli Litwy podpisali w Łodzi „Deklarację partnerstwa i współpracy”, w której zawarto m.in. zobowiązanie do wzajemnej wymiany doświadczeń zawodowych pomiędzy dwoma urzędami.
Narodowy Urząd Kontroli Litwy jest przewodniczącym grupy zadaniowej EUROSAI ds. kontroli samorządowych, w której aktywnie działa NIK. NOK Litwy należy także do Podkomisji INTOSAI ds. Standardów Kontroli Wewnętrznej, której przewodniczy NIK.
NOK Litwy jest członkiem zarządu EUROSAI, a Prezes NIK jest zastępcą przewodniczącego Zarządu EUROSAI. W czerwcu 2023 r. Narodowy Urząd Kontroli Litwy będzie gospodarzem posiedzenia Zarządu EUROSAI.
