NIK przeprowadza rocznie tysiące kontroli. Inspektorzy w każdym z przypadków mają obowiązek zbadania na miejscu rzeczywistej sytuacji, udokumentowania jej i dokonania oceny. Aby ten proces mógł przebiegać sprawnie, niezbędna jest współpraca osób kontrolowanych. Inspektorzy przeglądają setki dokumentów, dokonują oględzin obiektów, weryfikują przebieg określonych czynności, przesłuchują świadków, organizują spotkania z pracownikami instytucji. Bez ich współpracy działania te byłyby znacznie utrudnione. Dlatego ustawodawca zagroził karą grzywny, ograniczenia wolności lub aresztu jakiekolwiek próby utrudniania pracy inspektorów - np. odmowę wydania dokumentów czy niezgodne z prawdą informowanie o wykonaniu wniosków pokontrolnych.
Wnioski w sprawach o uchylanie się od kontroli to jednak rzadkość. Na przestrzeni ostatnich lat było ich zaledwie klika. Jeden z nich, z 2009 r., dotyczył ukarania prezesa zarządu Niepublicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej, któremu zarzucono uchylanie się od kontroli Zakładu Opiekuńczo-Leczniczego w Resku. Uniemożliwiał on rozpoczęcie i przeprowadzenie audytu przez inspektora NIK. W 2010 r. do sądu trafił z kolei wniosek o ukaranie prezesa zarządu Zakładów Chemicznych w Jeleniej Górze, który odmówił wydania żądanych dokumentów, uniemożliwiając w ten sposób kontynuowanie kontroli. Inspektorzy sprawdzali wtedy, jak zakład wywiązuję się ze zobowiązań wobec Skarbu Państwa oraz jak wykorzystuje mienie państwowe.
Uchylanie się od kontroli lub utrudnianie jej traktowane jest w myśl obecnie obowiązującej Ustawy o NIK jako wykroczenie.
