Ministerstwo Gospodarki nie prowadziło - co NIK ocenia negatywnie - analiz i ocen efektywności funkcjonowania SSE. Nie zbilansowano osiągniętych przez państwo korzyści (nowe miejsca pracy, sprzedaż nieruchomości, wzrost podatków lokalnych) z poniesionymi kosztami, które w całości nie są znane. Przyczyną tego jest niewypracowanie odpowiednich metod pozyskiwania danych od właściwych organów i instytucji. Ministerstwo nie ma także długofalowej koncepcji działania SSE, a wydłużenie tej formy zachęcania do inwestowania do końca 2020 roku nie było poprzedzone żadnymi analizami. Nie zastanawiano się także, czy nie należy zmodyfikować pomocy udzielanej firmom inwestującym. W tej chwili pomoc publiczna udzielana przedsiębiorcom obejmuje m.in. zwolnienia i ulgi podatkowe, sprzedaż gruntów poniżej ich wartości, dotacje celowe. Wielkość dotychczas udzielonej pomocy publicznej nie jest rządowi dokładnie znana.
Decyzje o poszerzeniu obszaru stref podejmowano w sytuacji, gdy 30 proc. gruntów już będących w strefach było i jest nadal niezagospodarowane. Brak przejrzystych zasad dotyczących poszerzania stref spowodował, że tworzono podstrefy w regionach rozwiniętych zaprzeczając tym samym idei istnienia SSE (miały one pobudzać gospodarkę na obszarach biedniejszych i słabiej rozwiniętych). W ten sposób utworzono np. dwie podstrefy Łódzkiej SSE w Warszawie. Poszerzanie granic stref najczęściej odbywało się z inicjatywy inwestorów. Przedsiębiorcy, wnioskując do spółki zarządzającej o objęcie strefą nowych obszarów, niejednokrotnie zastrzegali, że w przypadku odmowy, utworzą zakład i uruchomią działalność poza Polską. Tego typu praktyki okazały się skuteczną formą nacisku, np. przy powiększeniu Kostrzyńsko-Słubickiej SSE o ok. 10 ha gruntu w Nowym Tomyślu oraz Pomorskiej SSE o 7,8 ha terenów prywatnych we Frydrychowie w gminie Kowalewo Pomorskie.
