Inspektorzy NIK każdego roku kontrolują tysiące instytucji, urzędów i zakładów pracy. Sprawdzają, czy publiczne pieniądze zostały wykorzystane zgodnie z prawem, gospodarnie i celowo, oraz czy wydane środki rzetelnie rozliczono. Jeśli kontrolerzy natrafią na dowody świadczące o przestępstwie lub zaniedbaniu, Izba sporządza zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa i przekazuje je wraz z zebranymi materiałami dowodowymi właściwym organom ścigania.
Adresatem ponad 70 proc. zgłoszeń była prokuratura. Pozostałą część skierowano do inspektorów nadzoru budowlanego, urzędów skarbowych i policji. Pojedyncze zawiadomienia trafiły do Państwowej Inspekcji Pracy, Urzędu Zamówień Publicznych, CBA i ABW.
Najczęstszym powodem zawiadomień było poświadczenie nieprawdy w dokumentach lub ich fałszowanie. Niewiele mniej zawiadomień dotyczyło ksiąg rachunkowych i sprawozdań finansowych, których albo nie prowadzono, albo robiono to nierzetelnie bądź niezgodnie z przepisami. W innych przypadkach kontrolowanym wykazano przekroczenie uprawnień lub niedopełnienie obowiązków, co w efekcie prowadziło do uszczuplenia majątku państwa. W 2009 r. NIK zawiadomiła organa ścigania o wykrytych stratach w mieniu na sumę 122 mln złotych.
W jednej tylko kontroli, dotyczącej stanu technicznego budynków szpitalnych, NIK skierowała do właściwych prokuratur rejonowych aż 8 zawiadomień o podejrzeniu popełnienia przestępstwa. Adresatami pozostałych 12 byli powiatowi inspektorzy nadzoru budowlanego. Po kontroli dotyczącej opłat za zezwolenia na handel alkoholem Izba skierowała do prokuratury aż 13 zawiadomień - 12 z nich dotyczyło sprzedaży alkoholu bez wymaganego zezwolenia, a 1 poświadczenia nieprawdy. Inne zawiadomienia skierowano np. po kontrolach dotyczących nadzoru nad stacjami diagnostycznymi, programu zwalczania chorób nowotworowych, prywatyzacji zakładów mięsnych w Płocku oraz gospodarowaniu środkami publicznymi przez szpital na Solcu.
Każdy organ ścigania, któremu Najwyższa Izba Kontroli przekazała zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia przestępstwa lub wykroczenia, obowiązany jest do zawiadomienia NIK o wynikach postępowania. Izba monitoruje na bieżąco bieg zgłoszonych spraw, dzięki temu ma pełną wiedzę dotyczącą prowadzonych postępowań.
