Ministerstwo Skarbu Państwa w połowie 2009 roku sprawowało pełny nadzór właścicielski nad 24 uzdrowiskami. Najwyższa Izba Kontroli sprawdziła, jak przebiegała w latach 2005 - lipiec 2009 ich prywatyzacja. Kontrola objęła działania Ministerstwa Skarbu Państwa, Zdrowia oraz 21 spółek uzdrowiskowych. Sprywatyzowanie uzdrowisk ma być dla nich ratunkiem i poprawą bazy noclegowej oraz wyposażenia. Ma pomóc w spełnieniu wymagań unijnych pod względem sanitarnym, przeciwpożarowym, dostosowania do potrzeb osób niepełnosprawnych. NFZ zamiast utrzymywać uzdrowiska, będzie mógł kupować świadczenia lecznicze na zasadach konkurencyjnych.
MSP prywatyzuje uzdrowiska wolniej niż planowało. Opóźnia się też realizacja kolejnych etapów (harmonogramy, analizy przedprywatyzacyjne) niezbędnych do zrealizowania prywatyzacji. W roku 2009 zamiast planowanych 5 uzdrowisk, nie sprzedano ani jednego !
Brak konsekwentnego działania uwidocznił się już na etapie wyboru spółek przeznaczonych do prywatyzacji. Pieniądze uzyskane z ich sprzedaży miały być przeznaczone na dokapitalizowanie uzdrowisk, które pozostaną w rękach państwa: inwestycje i poprawę standardu oraz możliwości leczniczych. Jednak kolejni ministrowie skarbu i zdrowia przez cztery lata ustalali wykaz uzdrowisk wyłączonych z prywatyzacji.
Minister zdrowia nie analizował, choć zobowiązuje go do tego prawo, jak ich prywatyzacja wpłynie na powszechny dostęp pacjentów do świadczonych usług. Dopiero podczas kontroli NIK zebrano dane NFZ, które dotyczą sprywatyzowanych uzdrowisk w Nałęczowie w Szczawnicy. Okazało się, że uzdrowiska nie dość, że utrzymują profil leczenia, to w dodatku zwiększyły liczbę zakontraktowanych usług.
Zarządy uzdrowisk prawidłowo wykorzystywały pomoc państwa. W latach 2005 - 2007 Minister Skarbu dokapitalizował 18 spółek kwotą 101,5 mln zł. Przeznaczone zostały na inwestycje poprawiające ich standard i możliwości leczenia, a tym samym podnoszące ich wartość. Środki te stanowiły blisko 70 proc. wartości realizowanych inwestycji, co oznacza, że uzdrowiska nie byłyby w stanie udźwignąć ich samodzielnie. Pomoc państwa była w świetle przepisów unijnych legalna, a w kontekście planowanych prywatyzacji niezbędna dla zwiększenia atrakcyjności i tym samym ceny sprzedanych spółek.