Każda z kontroli NIK zawiera ocenę badanego obszaru. Jeśli inspektorzy dostrzegą nieprawidłowości, wskazują na konieczność ich naprawy w tzw. wnioskach pokontrolnych. Skontrolowani przez Izbę zobowiązani są do informowania NIK o stanie ich realizacji. Pewne nieprawidłowości można naprawić bardzo szybko. Naprawa innych wymaga czasu. Zdając sobie z tego sprawę, NIK stale monitoruje postęp prac.
Katalog wniosków pokontrolnych jest niezwykle obszerny. Często maję one postać bardzo konkretnych postulatów. W jednym z młodzieżowych ośrodków wychowawczych wnioskowano np. o zapewnienie wychowankom odpowiedniej opieki w nocy, a w jednym z urzędów miejskich o to, by doprowadził do objęcia wszystkich mieszkańców zorganizowanym systemem wywozu śmieci. W oddziale agencji nieruchomość rolnych zobowiązano pracowników do terminowego załatwiania skarg i wniosków. Do wielu ośrodków pomocy społecznej NIK skierowała wniosek o zintensyfikowanie działań wobec dłużników alimentacyjnych. Jeden z urzędów pracy został zobowiązany do przyznawania bezrobotnym dotacji z uwzględnieniem kolejności napływania wniosków oraz do ich oceny w zgodzie z regulaminem urzędu.
Najwyższa Izba Kontroli może skontrolować sposób wykorzystania uwag i wniosków zawartych w wystąpieniu pokontrolnym. W tym celu przeprowadza kontrolę sprawdzającą. W 2010 r. takich audytów odbyło się blisko 50.
