Wpływy z CIT są czwartym co do wielkości źródłem dochodów podatkowych państwa. Poziom dochodów z tego podatku był wynikiem dobrej koniunktury panującej w czasie, jaki objęła kontrola (w latach 2007 - 2008 I półrocze) i wywiązywania się podatników z obowiązków. Podatnicy samodzielnie obliczyli i dobrowolnie zapłacili ponad 99% podatku CIT.
Nie poprawiła się skuteczność ściągania zaległego podatku dochodowego od osób prawnych (CIT). Zaległości na koniec 2007 r. wyniosły ponad 1,1 mld zł, w tym zaległości starsze niż 5-cio letnie, czyli trudne do odzyskania - ponad 600 mln zł. Prawdopodobieństwo odzyskania tych pieniędzy maleje wraz z upływem czasu. W połowie skontrolowanych urzędów skarbowych podejmowano próby wyegzekwowania podatku ze znacznym opóźnieniem. Mało aktywnie poszukiwano majątku, z którego można ściągnąć należne Skarbowi Państwa pieniądze.
Przyczyną zaniedbań jest m.in. nakładanie na urzędy coraz większej liczby obowiązków przy niezmienionej liczbie zatrudnionych. Barierą w zwiększeniu skuteczności poboru podatku jest też brak narzędzi i uprawnień urzędów pomocnych w zdobywaniu wiedzy o majątku dłużników. W praktyce urzędnicy mogą uzyskać dane z jedynego zbioru krajowego - Centralnej Ewidencji Pojazdów i Kierowców CEPIK. Dane o nieruchomościach dłużnika można uzyskiwać tylko na poziomie lokalnym. Przy braku centralnego zbioru informacji o rachunkach bankowych zajęcia kont następowały w większości przypadków na podstawie własnych informacji (np. poszukiwano rachunków w oddziałach najpopularniejszych banków, wykorzystywano numery kont z PIT lub ujawnione w trakcie kontroli transakcje z innymi podmiotami, numery kont podawane przez podatnika urzędowi przy zwrocie VAT, itp.)
Problemem jest też nieskuteczne ściąganie zaległych podatków wraz z odsetkami od osób trzecich (np. członków zarządu w sytuacji, gdy firmy już nie ma lub nie można z jej majątku ściągnąć należnego podatku). Kwoty odzyskane w ten sposób były niewspółmierne do zaległości podatkowych. W okresie 2,5 roku wszystkie urzędy wyegzekwowały 1,6 mln zł ze 105,5 mln zł tych zaległości (np. w Trzecim US w Warszawie od osoby odpowiedzialnej za zobowiązania jednej ze spółek w wysokości ponad 6 mln zł wyegzekwowano zaledwie 21 tys. zł, w Radomiu od jednego z członków zarządu odzyskano tylko 125 zł z ponad 28 mln zł długu).
Kontrolerzy NIK stwierdzili, że Urzędy Skarbowe przeprowadziły za mało (w stosunku do potrzeb) kontroli podatkowych wśród podatników płacących CIT. Urzędy skarbowe w niewystarczającym stopniu kontrolowały prawidłowość wpłacanych zaliczek na CIT. W ciągu półtora roku (2007-2008 I półrocze) urzędy skarbowe przeprowadziły tylko 126 takich doraźnych kontroli tj. co trzeci urząd skarbowy w kraju przeprowadził tylko jedną tego typu kontrolę. Za mało także było prostych postępowań sprawdzających (np. dotyczących terminowości, prawidłowości wyliczonych kwot, sprawdzania uprawnień do ulg, itp.). Powodem zaniedbań jest m.in. duże obciążenie urzędników bieżącą pracą i w niektórych urzędach brak odpowiednio wykwalifikowanych kadr.
Ministerstwo Finansów zaleciło ukierunkowanie kontroli podatkowej na grupy podatków popełniających największe błędy w obszarach zwiększonego ryzyka nadużyć podatkowych. Wyniki kontroli pokazały, że było to trafne rozwiązanie.