W grudniu Kolegium NIK zatwierdza plan działań Izby na kolejny rok. Jest on efektem pracy m.in. departamentów kontrolnych i delegatur NIK, które przygotowują propozycje kontroli. Wykorzystywane są także sugestie zgłaszane przez Marszałków Sejmu, Senatu, Prezydenta RP i Premiera, jak również przez inne organy władzy publicznej.
W 2009 r. NIK przeprowadziła 175 kontroli planowych. Ponad połowa z nich to kontrole budżetowe. Kontrolerzy poświęcają na ich przeprowadzenie niemal jedną czwartą swojego rocznego czasu pracy. Wiele jest także kontroli koordynowanych, czyli takich, w które zaangażowanych jest kilka jednostek NIK, np. w kontrolę Dostępność wybranych świadczeń opieki zdrowotnej zaangażowanych było 16 jednostek NIK, w tym 15 delegatur. Aż 9 jednostek brało udział w kontroli Wychowanie fizyczne i sport w szkołach publicznych. Każda z takich kontroli ma koordynatora (departament lub delegaturę). W momencie zatwierdzania przez Kolegium planu pracy każdy z audytów ma m.in. jasno określony cel, zakres, uczestników oraz termin wykonania. Już w grudniu wszystkie departamenty i delegatury NIK wiedzą, jak będzie wyglądała ich działalność kontrolna w następnym roku.
NIK przeprowadza także kontrole doraźne, czyli takie, które nie figurują w rocznym planie pracy. W 2009 r. Izba przeprowadziła ich 160. Tematykę takiej kontroli zatwierdza dyrektor departamentu lub delegatury za zgodą nadzorującego je wiceprezesa NIK. Te kontrole przeprowadzane są zwykle przez jedną jednostkę NIK, w jednej jednostce (np. instytucji), a więc ich skala w porównaniu do kontroli planowych jest znacznie mniejsza. Kiedy przeprowadza się kontrole doraźne? Wtedy, gdy istnieje potrzeba wstępnego zbadania tematu, który ma być objęty kontrolą planową (kontrola rozpoznawcza), sprawdzenia, czy skontrolowani wykonali uwagi i wnioski z wcześniejszej kontroli NIK (kontrola sprawdzająca) oraz w wyniku otrzymanej skargi (kontrola skargowa).
W 2009 r. wśród kontroli doraźnych dominowały kontrole sprawdzające i skargowe. Kontrolerzy zweryfikowali m.in., czy starostowie wzmocnili nadzór nad stacjami obsługi pojazdów. Wcześniejsza kontrola planowa tego obszaru wskazała bowiem wiele nieprawidłowości.
