W 2006 r. do Izby skierowano niespełna cztery tysiące skarg. W 2010 roku było ich już ponad pięć tysięcy. Dla NIK są one ważnym źródłem wiedzy o nieprawidłowościach w funkcjonowaniu państwa. Mogą również stać się podstawą do podjęcia kontroli. W zeszłym roku wykorzystano w ten sposób 180 skarg, kolejnych 165 zakwalifikowano do późniejszego zbadania. Przeprowadzone kontrole ujawniły nieprawidłowości, których finansowe skutki Izba ocenia na ponad 336 mln zł.
W zeszłym roku najwięcej krytycznych uwag (blisko 1800 skarg) dotyczyło funkcjonowania organów i urzędów administracji publicznej. Obywatele wskazywali również często na nadużycia gospodarcze i marnotrawienie środków publicznych. Pozostała część skarg (45 proc.) dotyczyła funkcjonowania wymiaru sprawiedliwości, edukacji, nauki i kultury, gospodarki mieszkaniowej, komunikacji, rent i emerytur.
Autorami większości skarg i wniosków są zwykli obywatele. Nie brakuje jednak również zawiadomień ze strony przedstawicieli zakładów pracy, wspólnot mieszkaniowych i gmin. Sygnały o źle funkcjonujących mechanizmach w państwie płyną również od parlamentarzystów, eurodeputowanych, radnych oraz członków różnych związków i stowarzyszeń.
Żadna ze skarg przekazanych do Najwyższej Izby Kontroli nie pozostaje bez rozpoznania. Jeśli Izba nie ma możliwości przeprowadzenia postępowania kontrolnego we własnym zakresie, przekazuje wówczas korespondencję do właściwych merytorycznie instytucji, np. Państwowej Inspekcji Pracy, Inspekcji Handlowej czy urzędów kontroli skarbowej. Jeśli skarga nie kwalifikuje ani do podjęcia kontroli, ani do przekazania właściwej instytucji wówczas skarżącemu udzielane są wyjaśnienia, które mogą okazać się pomocne przy indywidualnym rozwiązywaniu wskazanego problemu.
