Działalność kontrolerów NIK co roku podlega ocenie kwalifikacyjnej. Dyrektorzy poszczególnych departamentów weryfikują pracę swoich podwładnych, biorąc za podstawę ewaluacji zadania wykonane w ramach poszczególnych kontroli. Na co Izba zwraca szczególną uwagę przy ocenie kwalifikacyjnej? Na prawidłowość, rzetelność, bezstronność i terminowość wykonywanych zadań, a w szczególności na obiektywne ustalenia i rzetelne dokumentowanie wyników kontroli. Analizowane jest również postępowanie kontrolera wobec tajemnic ustawowo chronionych, a także jego zachowanie - i to zarówno podczas służby, jak i poza nią.
Każda ocena kwalifikacyjna zawiera uzasadnienie. Co roku podlega jej niemal tysiąc pracowników mianowanych NIK. Dodatkowo kontrolerzy, nie rzadziej niż raz na pół roku, podlegają przeglądom jakości wykonywanych zadań. Ich efektem są opinie o poziomie wykonywania bieżącej pracy. Przy przeglądach jakości przełożeni weryfikują m.in. dokładność, kreatywność i terminowość realizacji zadań, uwzględniając przy tym ich złożoność. O ile ocena kwalifikacyjna dotyczy tylko pracowników mianowanych, o tyle przegląd jakości odnosi się do wszystkich osób zatrudnionych w Najwyższej Izbie Kontroli.
