W administracji pracuje zbyt mało osób niepełnosprawnych. Do tego stopnia, że wiele urzędów musi dokonywać znaczących wpłat na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, ponieważ nie osiągnęły ustawowego wskaźnika zatrudnienia niepełnosprawnych wynoszącego 6%. Dotyczy to aż 91% skontrolowanych przez NIK urzędów. Szczególnie źle sytuacja wyglądała w ministerstwach - w ponad 60% skontrolowanych odsetek niepełnosprawnych wśród zatrudnionych wynosił nawet mniej niż 1% (na 30 czerwca 2009 Ministerstwo Gospodarki zatrudniało - 3 takie osoby, Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego - 2). Najwięcej zatrudniało Ministerstwo Pracy - 24 osoby, ale stanowiło to jedynie 3,71% ogółu tam zatrudnionych.
NIK stwierdziła, że urzędy - w tym centralne - w niedostatecznym stopniu zachęcały osoby niepełnosprawne do udziału w prowadzonej rekrutacji. Administracja nie współpracowała w tym obszarze z organizacjami reprezentującymi niepełnosprawnych. Jedynym przejawem aktywności urzędów było najczęściej zamieszczanie w treści ogłoszeń o naborze do pracy informacji, że oferta jest skierowana także do osób niepełnosprawnych. Były jednak instytucje, które w okresie objętym kontrolą NIK nie stosowały się nawet do tej praktyki (m.in. Ministerstwa: Pracy i Polityki Społecznej, Sprawiedliwości, Infrastruktury, Obrony i Rolnictwa). Żadne ze zbadanych przez NIK ministerstw nie uczestniczyło w programie PFRON „Niepełnosprawni w służbie publicznej”.
Niskie zatrudnienie niepełnosprawnych i związane z tym niewypełnienie ustawowego wskaźnika zatrudnienia wiąże się z koniecznością odprowadzania znacznych wpłat na PFRON. Można je obniżyć nie tylko zatrudniając niepełnosprawnych, ale także poprzez dokonywanie zakupów u pracodawców, którzy osiągają wysoki wskaźnik zatrudnienia tych osób. Kontrolowane przez NIK urzędy w ograniczonym stopniu korzystały z tej możliwości. Ponadto w ponad 45% skontrolowanych instytucji NIK stwierdziła przypadki dostarczenia pracodawcy przez osoby niepełnosprawne orzeczeń o niepełnosprawności po upływie wielu miesięcy a nawet lat od jego otrzymania. W ten sposób rzeczywisty stan zatrudnienia niepełnosprawnych mógł być wyższy do deklarowanego w PFRON i wpłynąć na zmniejszenie wpłacanych przez urząd kwot. W ocenie NIK, jedną z przyczyn nieokazywania orzeczeń mogła być obawa, że posiadanie statusu osoby niepełnosprawnej może zaszkodzić w dalszym rozwoju kariery zawodowej.
Najwyższa Izba Kontroli ocenia, że kierownictwo zbadanych urzędów przestrzega prawidłowo praw niepełnosprawnych pracowników. Generalnie respektowano ich uprawnienia w odniesieniu do wymiaru czasu pracy. Niepełnosprawni pracownicy nie wykorzystywali natomiast w pełni uprawnień do dodatkowej przerwy, zwolnienia z pracy w celu wykonania badań specjalistycznych, zabiegów leczniczych, uczestnictwa w turnusie rehabilitacyjnym, itp.
W wielu budynkach istnieją wciąż bariery architektoniczne utrudniające niepełnosprawnym swobodne poruszanie się. Choć w okresie objętym kontrolą wykonano szereg prac modernizacyjnych w kontrolowanych urzędach, to jednak nie doprowadziły one do likwidacji wszystkich istotnych barier. Spośród 118 skontrolowanych siedzib urzędów tylko 9 było całkowicie dostosowanych do potrzeb niepełnosprawnych.
