W okresie, gdy utrzymywała się dobra koniunktura, zadłużenie całego sektora publicznego pozostawało na bezpiecznym poziomie (dług publiczny nie przekroczył 50% PKB). Pogorszenie sytuacji obserwowane od połowy 2008 r. może jednak doprowadzić nawet w tym roku do przekroczenia bezpiecznego poziomu. Niezbędne byłoby wówczas wdrożenie restrykcyjnych procedur zmierzających do ograniczenia deficytu.
Emitując skarbowe papiery wartościowe Minister Finansów uwzględniał terminy spłaty już istniejących długów. Dokonywał operacji pozwalających na korzystniejsze rozłożenie w czasie płatności oraz częściowe obniżenie kosztów obsługi skarbowych papierów wartościowych.
Agenci emitujący na zlecenie Skarbu Państwa papiery wartościowe właściwie wywiązywali się z umów. PKO BP zgodnie z umową oferował obligacje detalicznie poprzez sieć 1200 placówek i za pośrednictwem systemów teleinformatycznych, ale nie wywiązał się z obowiązku wprowadzenia sprzedaży obligacji za pośrednictwem bankomatów. Uzasadnił to ograniczeniami technicznymi i niemożnością wypracowania odpowiednich standardów bezpieczeństwa dla takiej formy sprzedaży. Nie tworząc sieci sprzedaży, bank nie poniósł kosztów, ale wynagrodzenie zostało mu przekazane w pełnej wysokości, ponieważ umowa nie zabezpieczała w tym zakresie dostatecznie interesów Skarbu Państwa, gdyż nie przewidywała obniżki wynagrodzenia w przypadku niezrealizowania tego postanowienia. NIK stwierdziła, że Ministerstwo Finansów zbyt wcześnie przekazywało pieniądze na obsługę obligacji do PKO BP, gdzie były trzymane na nieoprocentowanym koncie. Gdyby bank oprocentował te środki stopą stosowaną dla lokat zawieranych 'na noc' (tak jak wobec innych swoich klientów), to można by uzyskać ok. 4 - 5 mln zł rocznie. Zbliżone dochody przyniosłoby zdeponowanie tych środków na lokatach NBP lub Banku Gospodarstwa Krajowego i przekazanie ich PKO dopiero wtedy, gdy były potrzebne.
NIK negatywnie ocenia opóźnienia w pełnym wdrożeniu informatycznego systemu obsługi budżetu państwa Trezor. Działający w pełni system pozwoliłby na usprawnienie zarządzania pieniędzmi budżetowymi, dzięki czemu środki nie leżałyby bezproduktywnie na rachunkach dysponentów budżetu i Skarb Państwa mógłby zaoszczędzić nawet do 60 mln zl rocznie.
NIK zwraca uwagę, że w 2008 r. na finansowanie deficytu budżetowego czasowo wykorzystano środki z zaliczek z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej (4,7 mld zł). Chociaż rozwiązanie to było gospodarne, gdyż ograniczało ponoszenie przez państwo kosztów emisji skarbowych papierów wartościowych, to jednak przepisy nie przewidują takiej "czasowej pożyczki" ze środków funduszy UE.