W Polsce nie koncentruje się środków finansowych wokół dużych badań o istotnym znaczeniu dla społeczeństwa, gospodarki i rozwoju technologicznego kraju. Większość projektów naukowych finansowanych przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego to niewielkie i niepowiązane ze sobą programy badawcze, habilitacyjne lub promotorskie (77,5 proc. w 2009 r. i aż 84,5 proc. w 2010 r.). Nastawione są one głównie na rozwój i utrzymanie kadr. W 2009 r. tylko 12 proc. projektów finansowanych przez Ministra miało charakter badań stosowanych lub ukierunkowanych na zastosowanie w praktyce. Jeszcze gorzej było w roku 2010, kiedy odsetek ten nie przekroczył sześciu procent. Na finansowanie strategicznych programów badawczych i prac rozwojowych wydano wtedy 0,7 proc. z całej puli publicznych środków przeznaczonych na finansowanie nauki (około 6 mld zł). W 2011 r. odsetek ten wyniósł 1,6 proc.
Krajowy Program Badań Naukowych i Prac Rozwojowych, który miał strategicznie określić sposób przeznaczania środków na naukę, jest realizowany tylko w niewielkim zakresie. Z dziesięciu przewidzianych w nim programów uruchomione zostały zaledwie dwa - nie rozpoczęto np. programu dotyczącego konkurencyjności i innowacyjność polskiej gospodarki, zaawansowanych technologii materiałowych, ale także np. kształtowania polityki tożsamości i polityki pamięci.
Ministerstwo nie ma wiedzy o prawdziwej pozycji i sile naukowej jednostek, których projekty finansuje. System oceny przyjęty przez Ministerstwo nie odzwierciedla ich rzeczywistych działań naukowych ani pozycji wśród odpowiedników na świecie. W składzie 75 proc. zespołów oceniających (w tym jednoosobowych) znaleźli się ludzie, którzy byli jednocześnie pracownikami ocenianych przez siebie jednostek. To mogło rodzić konflikt interesów. W 2009 r. siedem skontrolowanych przez NIK instytucji podało dane, które stawiały je w lepszym świetle, niż wynikałoby to z rzeczywistej sytuacji. W konsekwencji takiego systemu oceniania dwie trzecie polskich jednostek naukowych i uczelni od lat uzyskuje najwyższe kategorie.
Tymczasem na tle światowej nauki efektywność polskich badaczy jest niewielka. W 2009 r. nasz kraj zajmował 32. miejsce w Europie pod względem liczby publikacji naukowych przypadających na milion mieszkańców. W tym samym roku Polska zgłosiła do Europejskiego Urzędu Patentowego średnio 6,8 wynalazków na milion mieszkańców (Republika Czeska - 22,6, a będące w czołówce Niemcy - 294,5). W zbadanych pod tym względem przez NIK 17 jednostkach naukowych i czterech uczelniach wyższych wskaźnik publikacji w międzynarodowych prestiżowych czasopismach naukowych oscyluje wokół 0,5 (wyróżnia się Instytut Problemów Jądrowych w Świerku ze wskaźnikiem 1,8). NIK trafiła jednak na ośrodki, których pracownicy naukowi w ciągu ostatnich pięciu lat nie opublikowali nic. Z kolei publikacje pracowników trzech instytutów naukowych w ogóle nie były cytowane przez innych naukowców.
Podstawowym problemem polskich jednostek naukowych jest kłopot z praktycznym zastosowaniem badań. Zwraca uwagę niewielka liczba patentów zgłoszonych przez naukowców w latach 2009 - 2011. Trzy skontrolowane ośrodki nie zgłosiły do urzędu patentowego ani jednego wynalazku. Na 13 jednostek, które uzyskały patenty, aż siedem nie wdrożyło żadnego z nich. Na tym tle pozytywnie wyróżnia się Akademia Górniczo-Hutnicza, która w latach 2009 - 2011 zgłosiła 320 wynalazków, oraz Główny Instytut Górnictwa, który zgłosił ich 41. Jednak większość jednostek naukowo-badawczych zbyt często sprowadzana jest do roli podmiotów udzielających certyfikatów lub homologacji rozwiązaniom zagranicznym.
NIK docenia inicjatywę Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, który uruchomił 12 programów promujących rozwój młodych kadr naukowych i wspierających wdrażanie badań naukowych w gospodarce. Efekty tych działań Izba będzie mogła jednak ocenić dopiero w przyszłości.
