Nie ma wciąż przepisów pozwalających na płacenie za usługi medyczne wykonane ponad limity określone w umowach między szpitalami a NFZ, których okres obowiązywania się zakończył. Dlatego wojewódzkie oddziały NFZ zawierały "ugody pozasądowe" ze świadczeniodawcami, czyli szpitalami, przychodniami i lekarzami. Dzięki temu otrzymywali oni pieniądze za wykonane ponad limity badania i zabiegi. NIK stoi na stanowisku, że były to płatności dokonane bez właściwej podstawy prawnej. Dlatego Izba postuluje szybkie uporządkowanie stanu prawnego.
"Ugody pozasądowe" NFZ zawierała ze szpitalami już po zakończeniu roku kalendarzowego. Pieniądze na ponadlimitowe zabiegi najczęściej pochodziły ze środków, których nie wydano na zaplanowane, ale niewykonane usługi. Ale na przykład w Podkarpackim Oddziale NFZ wykonano aż 99,6 % zaplanowanych i zakontraktowanych usług medycznych i dlatego wystąpił tam problem z płaceniem za usługi ponadlimitowe. Z kolei Mazowiecki NFZ wydał tylko 89% pieniędzy przeznaczonych na świadczenia medyczne, miał więc później z czego płacić. Rozpiętość w realizacji planów jest skutkiem obowiązującego na podstawie przepisów prawnych systemu dzielenia pieniędzy, który preferuje duże i bogate ośrodki.
W 2008 r. NFZ wydał niespełna 50 mld zł (realizując 94,3 proc. planu) na:
- podstawową opiekę zdrowotną - 98,9% zaplanowanej kwoty
- ambulatoryjną opiekę specjalistyczną - 93%
- leczenie szpitalne - 95%
- rehabilitację leczniczą - 95%
- leczenie stomatologiczne - 92%
- refundację leków - 99%.
W skali kraju koszty refundacji leków nie przekroczyły planu. Jednak w kilku wojewódzkich oddziałach NFZ wydano więcej niż zakładano: w Kujawsko - Pomorskim NFZ -101,2 % planowanej kwoty, Podkarpackim 101%, Lubelskim 100,5%, Pomorskim 100,35%. W sumie w tych oddziałach przekazano ok. 12,4 mln zł więcej na leki refundowane niż zaplanowano.
Dla obywateli innych państw Unii Europejskiej, NFZ ustalało cenę świadczeń medycznych, która była niższa niż faktyczny koszt tej usługi, ponieważ nie uwzględniono w kosztach podwyżek wynagrodzeń dla pracowników służby zdrowia. Z tego powodu Fundusz stracił blisko 5,6 mln zł.