Nieuzasadnione było także zawarcie przez Instytut trzech odrębnych umów cywilnoprawnych z własnym pracownikiem, na zadania które powinny być wykonywane przez niego w ramach umowy o pracę.
Instytut Ochrony Środowiska - Państwowy Instytut Badawczy (IOŚ) prowadził w badanym okresie (czyli od 1 stycznia 2013 r. do 20 maja 2016 r.) działalność komercyjną, w ramach której m.in: formułował oceny i uwagi na temat środków ochrony roślin - co stanowiło główne źródło przychodów IOŚ z działalności komercyjnej, a także opinie o oddziaływaniu nawozów i innych substancji na środowisko. W ocenie NIK, umowy cywilnoprawne w ramach tej działalności były nieprawidłowo zawierane, realizowane i rozliczane.
Najwyższa Izba Kontroli stwierdza, że Instytut Ochrony Środowiska:
- zawarł 41 umów na łączną kwotę ponad trzech milionów złotych, dotyczących opinii, ocen, uwag bądź weryfikacji ocen i uwag na temat środków ochrony roślin, a także opinii na temat oddziaływania nawozów i innych substancji na środowisko. Umowy te zawarto z naruszeniem kodeksu cywilnego, ponieważ zawarcie tych umów stanowiło obejście zakazu z art. 108 k.c. Zgodnie z treścią tego przepisu pełnomocnik nie może być drugą stroną czynności prawnej, której dokonuje w imieniu mocodawcy, chyba że co innego wynika z treści pełnomocnictwa albo że ze względu na treść czynności prawnej wyłączona jest możliwość naruszenia interesów mocodawcy;
- zawarł 3 umowy na łączną kwotę ponad 1 miliona złotych, na weryfikację opracowanych przez siebie ocen/uwag na temat środków ochrony roślin. Realizację zleceń w tym zakresie powierzono wykonawcy na podstawie umowy cywilnoprawnej, pomimo że weryfikacji tej powinni dokonywać pracownicy Instytutu w ramach obowiązków wynikających z umowy o pracę;
- nie zapewnił wystarczającego zabezpieczenia interesów Instytutu od strony cywilnoprawnej oraz w zakresie merytorycznego nadzoru nad wykonaniem prac. W blisko trzech czwartych umów IOŚ nie zadbał o przeniesienie praw autorskich na rzecz Instytutu;
- nie prowadził właściwej polityki kadrowej przy opracowywaniu opinii nt. oddziaływania nawozów lub środków wspomagających na środowisko. Do 22 kwietnia 2016 r. wszelkie opinie w tym zakresie, wykonywała osobiście dyrektor Instytutu Ochrony Środowiska jako osoba fizyczna, m.in. na podstawie zawartych z Instytutem umów cywilnoprawnych;
- nie sporządzał protokołów zdawczo-odbiorczych w przypadku blisko trzech czwartych umów w wyżej wymienionych zakresach, czym naruszał wewnętrzne procedury odbioru umów cywilnoprawnych;
- podpisał umowę cywilnoprawną z własnym pracownikiem na wykonanie ocen i uwag nt. środków ochrony roślin, tj. czynności, które należały do obowiązków służbowych tego pracownika.
Ponadto NIK ustaliła, że :
- Dyrektor Instytutu Ochrony Środowiska zleciła kancelarii prawnej przygotowanie opinii prawnej mającej potwierdzić prawidłowość własnych działań jako osoby fizycznej - w zakresie podpisywania przez nią umów cywilnoprawnych z IOŚ. Działanie to było niecelowe i niegospodarne;
- zastępca dyrektora Instytutu Ochrony Środowiska ds. ekonomiczno-administracyjnych powierzył swojej przełożonej, Dyrektor Instytutu, funkcję kierownika wyłonionego w strukturze IOŚ Zakładu Chemii Środowiska i Oceny Ryzyka - choć nie miał do tego uprawnień kompetencyjnych;
W związku z ustaleniami kontroli NIK sformułowała następujące wnioski:
- Instytut Ochrony Środowiska powinien wystąpić o zwrot wynagrodzeń w kwocie ponad 1 miliona złotych wypłaconych wykonawcy na podstawie trzech umów na weryfikację ocen lub uwag IOŚ na temat środków ochrony roślin;
- IOŚ powinien wystąpić o zwrot wynagrodzenia wypłaconego na podstawie umowy o opinię prawną, która miała potwierdzić prawidłowość działania Dyrektora Instytutu w zakresie zawierania umów;
- zawieranie przez IOŚ umów cywilnoprawnych w sposób zabezpieczający interes Instytutu, w szczególności w zakresie określenia formy wykonania przedmiotu umowy;
- stosowanie przez Instytut Ochrony Środowiska własnych „Zasad postępowania z dokumentami finansowymi i personalnymi stosowanymi w Instytucie”, w szczególności w zakresie zasad odbioru dzieła wykonanego na podstawie umowy o dzieło lub umowy - zlecenia.