NIK skontrolowała 32 spośród 388 TBS. W trakcie kontroli - od stycznia 2006 do marca 2009 badane TBS-y zbudowały ponad 4200 mieszkań i na zakończenie kontroli dysponowały prawie 10 tys. lokali. Powstałe w latach 2006-2009 mieszkania były tanie. Koszt 1 metra wyniósł średnio 2,2 tys. zł. Niestety, niski koszt wpłynął na jakość lokali. Najemcy mieszkań w 11 z 32 zbadanych TBS zgłaszali uwagi, że budynki zostały zbudowane z materiałów gorszego gatunku, a ich wykończenie budziło wiele zastrzeżeń.
Najemca mieszkania w TBS nie może być właścicielem innego mieszkania lub domu w tej samej miejscowości oraz musi mieć dochód nie przekraczający określonego przepisami poziomu. Prawie wszystkie skontrolowane TBS sprawdzały na początku, czy składający wnioski o mieszkania spełniają te warunki. Gorzej sprawa wyglądała, gdy dochodziło do podpisania umów najmu. Wtedy często nie weryfikowano już uprawnień. W efekcie pięć spośród skontrolowanych TBS zawarło w sumie 24 umowy z osobami, którym mieszkanie w TBS już nie przysługiwało. Prawo nakłada także obowiązek okresowego sprawdzania, czy mieszkający w nich lokatorzy nadal posiadają to prawo do lokalu. Aż w 8 TBS nie sprawdzano tego w ogóle, zaś w 14 tylko część najemców składała obowiązkowe deklaracje o dochodach.
NIK stwierdziła, że ponad 2/3 TBS-ów źle naliczało najemcom czynsze. Ustalane stawki nie wystarczały m.in. na pokrycie kosztów eksploatacji i remontów oraz spłatę przez TBS kredytu na budowę, zaciągniętego zgodnie z prawem ze środków Krajowego Funduszu Mieszkaniowego. Źle zabezpieczano też środki na remonty. Większość TBS wykorzystywała pieniądze z czynszu na działalność bieżącą lub budowę innych lokali, nie zabezpieczając środków na remonty. Tylko mniej niż 1/3 (29%) przechowywała na lokatach bankowych środki na remonty pochodzące z czynszów.
Choć podstawową działalnością TBS-ów jest budowa i wynajem mieszkań, to mogą one prowadzić dodatkową działalność. Niestety, 19 TBS dodatkowa działalność przynosiła straty. Najczęściej źródłem strat był: wynajem własnych lokali użytkowych i zarządzanie nieruchomościami, w tym gminnymi. Zarządzaniem gminnymi nieruchomościami zajmowała się połowa badanych Towarzystw, ale aż 13 z nich (ponad 80 %) robiło to łamiąc prawo, np. zajmowały się tym osoby nie posiadające licencji zawodowej, albo robiono to bez niezbędnych umów.
