Projekt ustawy kompensacyjnej opracowany został na zlecenie MSP przez prywatną kancelarię prawną. Niecelowe było ograniczenie zakresu wykorzystania przy tych pracach merytorycznej wiedzy i doświadczenia pracowników departamentu nadzorującego stocznie. W konsekwencji takiego trybu prac legislacyjnych, a także działania pod presją czasu, w ustawie kompensacyjnej niektóre przepisy nie spełniały wymogów decyzji Komisji Europejskiej, były nieprecyzyjne lub niespójne z innymi przepisami.
Tymczasowego nadzorcę, a następnie zarządcę kompensacji (tych samych dla obu stoczni) wybrano, pod względem formalnym, zgodnie z ustawą kompensacyjną. Były to jednak arbitralnie wskazane przez ARP SA osoby (tymczasowy nadzorca) lub podmioty kapitałowo od niej zależne (zarządca kompensacji) - w obydwu przypadkach bez doświadczenia w prowadzeniu likwidacji lub upadłości. Ustalono dla nich relatywnie wysokie wynagrodzenie, nie egzekwując przy tym ustanowienia realnego zabezpieczenia ewentualnych roszczeń powstałych z tytułu niewykonania lub nienależytego wykonania umowy. Były to działania nierzetelne, niecelowe i niegospodarne. Łącznie w okresie od stycznia 2009 r. do 31 marca 2011 r. wynagrodzenie zarządcy kompensacji SSN i SG wyniosło 15 mln zł brutto, a do zakończenia procesu kompensacji może wynieść 17,2 mln zł. Z tego wynagrodzenia pokrywane były m.in. koszty wynajęcia kancelarii prawnej oraz wynagrodzenia pełnomocników BBL w stoczniach. Zarządca kompensacji racjonalnie i zgodnie z ustawą kompensacyjną zarządzał mieniem obydwu stoczni. Gospodarna była kontynuacja budowy trzech statków w SG raz trzech statków w SSN. W stoczniach podejmowano działania w celu maksymalizacji przychodów z zagospodarowania mienia przed jego sprzedażą. Majątek obydwu stoczni chroniony był przez firmy zewnętrzne, a ujawnione próby jego kradzieży zgłaszano organom ścigania.
Wypełnione zostały zobowiązania finansowe wobec stoczniowców, zawarte w porozumieniu strony rządowej z reprezentantami pracowników z listopada 2008 r. Prawidłowo zrealizowano: przejęcie przez stocznie pracowników ze spółek zależnych (łącznie 1 359 osób), wypłaty odszkodowań w ramach Programu Dobrowolnych Odejść (średnio 41 tys. zł na osobę) oraz wypłaty świadczeń uczestnikom Programu Zwolnień Monitorowanych. Łączne koszty ochrony praw pracowników wyniosły ok. 761 mln zł, z czego pracownikom wypłacono ok. 638 mln zł. W ocenie NIK, uwzględniającej skalę zaangażowanych na ten cel środków, wsparcie pracowników w poszukiwaniu nowego zatrudnienia nie przyniosło zadowalających rezultatów. Spośród ponad 9 tys. zwolnionych stoczniowców nową pracę znalazło niespełna 3 tys. osób.
Wycena mienia postoczniowego została sporządzona zgodnie z ustawą kompensacyjną. Cenę wywoławczą majątku wystawionego do sprzedaży przetargowej zarządca kompensacji na ogół określał jednak na podstawie oszacowania jego wartości w tzw. warunkach wymuszonej sprzedaży , przyjmując, że stanowi ona 50% ceny rynkowej. W ocenie NIK, działaniem gospodarnym byłoby podjęcie próby sprzedaży majątku za wyższą cenę. Mienie stoczni sprzedawane było jednak w rzetelnie przeprowadzanych procedurach przetargowych.
Nie sfinalizowano transakcji z inwestorami katarskimi reprezentowanymi przez firmę Stichting Particulier Fonds GREENRIGHTS (SPFG), którzy wylicytowali w pierwszej procedurze przetargowej większość mienia obu stoczni. Zatrzymane zostało wadium wpłacone w imieniu SPFG w kwocie 36,1 mln zł (26,5 mln zł w SG oraz 9,6 mln zł w SSN). Zarządca kompensacji wielokrotnie kierował do SPFG informacje o zamiarze dochodzenia odszkodowań za niedokończenie transakcji. Były to jednak działania niekonsekwentne, gdyż do dnia zakończenia kontroli nie przedstawiono SPFG szczegółowego wyliczenia kwot, które miałyby być przedmiotem roszczeń.
Minister SP podejmował intensywne działania w celu nakłonienia SPFG do sfinalizowania transakcji. Niektóre z tych działań były jednak nieprzejrzyste. Inwestorzy odstąpili od transakcji kupna wylicytowanego mienia, motywując to przede wszystkim wadami prawnymi sprzedawanego majątku stoczni. SPFG zarzucił także Ministrowi SP bezpodstawne wycofanie się z gwarancji, że SPFG będzie mógł zrezygnować z transakcji bez żadnych negatywnych konsekwencji. Minister zaprzeczył aby kiedykolwiek takich gwarancji udzielał. Przygotowywanie listu z gwarancją potwierdził jednak ówczesny Wiceprezes Zarządu ARP SA. NIK nie ustaliła stanu faktycznego w tym zakresie, ze względu na sprzeczne wyjaśnienia oraz brak dostępu do niektórych dokumentów przywoływanych przez SPFG.
SPFG zobowiązał się wobec MSP do ponoszenia kosztów utrzymania wylicytowanych aktywów SG i SSN od dnia 22 lipca 2009 r. do daty zakończenia transakcji, pod warunkiem dostarczenia w ciągu siedmiu dni oszacowania całkowitych kosztów ich utrzymania. Nierzetelnością było dostarczenie zarządcy kompensacji stosownego pisma MSP dopiero w dniu 29 lipca 2009 r., czyli w dniu upływu wyznaczonego przez inwestora terminu. Utracono więc szansę uzyskania 6,7 mln zł (koszty utrzymania majątku stoczni w okresie od 22 lipca do 17 sierpnia 2009 r.)
Dostawy skroplonego gazu ziemnego (LNG) z Kataru przez budowany terminal w Świnoujściu, przewidywane od połowy 2014 r., stanowić będą realną dywersyfikację źródeł zaopatrzenia w to paliwo. NIK ocenia pozytywnie działania PGNiG, w wyniku których podpisany został kontrakt z dnia 29 czerwca 2009 r. Jego warunki, w tym parametry cenowe, nie odbiegają od warunków powszechnie stosowanych w handlu LNG. NIK nie stwierdziła wiarygodnych przesłanek wskazujących na związek kontraktu na dostawy gazu z postępowaniem kompensacyjnym.
