Kontrola NIK objęła 7 gmin Małopolski, w tym Kraków. Realizację programu wieloletniego „Pomoc państwa w zakresie dożywiania” oceniono negatywnie w 3 z nich (Klucze, Wieliczka, Wielka Wieś). We wszystkich pozostałych kontrolerzy stwierdzili nieprawidłowości.
Gminy nie przywiązywały właściwej wagi do organizacji i jakości żywienia w placówkach oświatowych. W żadnej z 18 szkół, w których kontrole przeprowadziła inspekcja sanitarna, sposób żywienia nie został oceniony pozytywnie. Stwierdzone nieprawidłowości dotyczyły procesu przygotowania i dystrybucji posiłków oraz ich wartości odżywczej i kalorycznej. W 2009 r. aż 58 proc. uczniów objętych Programem otrzymywało posiłki, które nie spełniały norm Instytutu Żywności i Żywienia. Zbyt dużo szkół prowadziło dożywianie w formie drożdżówek, kanapek i przekąsek. Tylko jedna z 7 kontrolowanych gmin (Kraków) zapewniła dzieciom gorące posiłki w okresie przerw w nauce.
Zastrzeżenia kontrolerów NIK wzbudził również sposób dystrybucji drożdżówek i kanapek w szkołach, ponieważ otrzymywali je zwykle tylko uczniowie objęci pomocą społeczną. Prowadziło to do występowania zjawiska stygmatyzacji społecznej. Z tego względu część dzieci i ich rodziców niechętnie odnosiła się do takiej formy pomocy. W gminie Wieliczka odnotowano nawet przypadki odmowy korzystania ze świadczeń ze względu na obawę przed napiętnowaniem dzieci. Władze gmin najczęściej tłumaczyły taką sytuację trudnościami organizacyjnymi i lokalowymi szkół. Kontrolerzy NIK wykazali jednak, że istnieją możliwości rozwiązania tych problemów. Już w trakcie kontroli część szkół wprowadziła zmiany, dzięki którym dożywiane mogłyby być zarówno dzieci objęte pomocą społeczną, jak i uczniowie, którym posiłki opłacili rodzice.
Szkoły przejawiały niewielkie zainteresowanie popularyzacją zasad zdrowego żywienia. Widoczne zaangażowanie w tym zakresie wykazały jedynie placówki oświatowe w Krakowie i gminie Klucze. Jednak sam udział szkół w programach promujących zdrowie nie gwarantował właściwego sposobu żywienia. Na przykład Szkoła Podstawowa w Golkowicach uczestniczyła w programie „Szkoła promująca zdrowie”, a w trakcie kontroli NIK okazało się, że uczniów dożywiano w niej drożdżówkami.
Kontrolerzy NIK wykazali również, że gminy nie prowadziły rzetelnego rozpoznania potrzeb, a praktyka przyznawania świadczeń nie zapewniała odpowiedniej pomocy dla wszystkich potrzebujących osób. Ośrodki pomocy społecznej nie korzystały z możliwości poszerzania kręgu adresatów Programu poza standardową grupę świadczeniobiorców. Rzadko podejmowały współpracę w tym zakresie choćby z dyrektorami szkół. Ci ostatni sporadycznie korzystali z możliwości dożywiania uczniów nieobjętych pomocą społeczną. Mogło to sprawić, że pomoc nie docierała np. do tych osób, które nie potrafiły lub wstydziły się o nią wystąpić. Zauważyć należy, że zjawisko niedożywienia dzieci, o którym mowa w zapisach ustawy o Programie, nie zawsze wynika ze złej sytuacji materialnej rodziny. Może ono być spowodowane długim czasem przebywania dziecka w szkole i świetlicy czy niedostateczną opieką rodziców.
Wbrew priorytetom Programu ponad połowa korzystających z pomocy w Małopolsce - zarówno dzieci, jak i dorosłych - otrzymywała ją w formie zasiłku pieniężnego, a nie gorącego posiłku. Wpływ na to miał przede wszystkim słaby rozwój bazy żywieniowej w ośrodkach wiejskich i mniejszych miastach oraz brak kompleksowej strategii dożywiania w większości kontrolowanych gmin.
Najwyższa Izba Kontroli zwróciła się do Ministra Pracy i Polityki Społecznej o określenie zasad monitorowania Programu przez wojewodów. W odpowiedzi Minister poinformował o podjętych działaniach naprawczych, jak również wystąpił do Ministra Edukacji Narodowej oraz wszystkich wojewodów o współpracę przy realizacji zaleceń pokontrolnych NIK.
