NIK skontrolowała, jak samorządy radziły sobie, w latach 2006 - 2007, z pobieraniem i wykorzystaniem opłat za zezwolenia na handel alkoholem. Kontrolerzy ujawnili przypadki nierównego traktowania sprzedawców alkoholu przy wydawaniu decyzji o cofnięciu zezwolenia (w Lidzbarku Warmińskim na 35 przypadków opóźnionych opłat wydano tylko 4 decyzje o wygaśnięciu zezwolenia; tłumaczono to ustnym poleceniem ówczesnego burmistrza) czy prolongowaniu opłat (przez burmistrza Drawska Pomorskiego oraz wiceprezydenta Piły). W niektórych przypadkach odstępowano też od zastosowania sankcji za jaskrawe naruszenie warunków sprzedaży alkoholu (w Bochni po kontroli Miejskiej Komisji Rozwiązywania Problemów Alkoholowych nie wszczęto postępowania, mimo picia alkoholu przez nieletnich i znalezienia alkoholu bez banderoli). To wszystko zdaniem inspektorów NIK, może wskazywać na występowanie korupcji.
NIK uważa, że korzystne byłoby ujednolicenie zasad wydawania zezwoleń i naliczania opłat na detaliczną i hurtową sprzedaż alkoholu. Pozwoliłoby to na ograniczenie obszarów występowania korupcji, której skutkiem jest nie tylko nierówne traktowanie sprzedawców, ale i zaniżanie opłat za zezwolenie na handel alkoholem. To w efekcie zmniejsza dochody gmin.
Kontrole przestrzegania warunków zezwoleń w praktyce ograniczały się do oględzin punktu sprzedaży (sklepów czy restauracji). Gminy nie sprawdzały prawdziwości deklaracji przedsiębiorców o wartości sprzedanego alkoholu, a ona jest podstawą naliczania opłat. Tłumaczyły to brakiem upoważnienia do badania dokumentów finansowych przedsiębiorcy, co zdaniem NIK nie jest argumentem wystarczającym do zaniechania weryfikacji.
Władze samorządowe nie potrafią odpowiednio wykorzystać środków uzyskanych z opłat za zezwolenia. Pieniądze te miały być dodatkowym źródłem finansowania profilaktyki i przeciwdziałania skutkom uzależnień. Jak się jednak okazuje w większości gmin są źródłem jedynym.
W ponad 70 proc. skontrolowanych gmin nie wykorzystuje się ich w całości. (W roku 2006 najniższy odsetek wykorzystanych dochodów z opłat występował we Władysławowie, Pionkach i Wojkowicach; a w roku 2007: we Władysławowie, Lidzbarku Warmińskim, Orzeszu i Redzie).
Były jednak wśród skontrolowanych gminy i takie, które na przeciwdziałanie skutkom uzależnień przeznaczyły kwoty wyższe niż uzyskane z opłat za zezwolenia. (W roku 2006: Piła, Bochnia, Kętrzyn, Przechlewo, Nowy Sącz, Szczecin, Słupsk; a w roku 2007: Bochnia, Manowo, Piła, Zwoleń, Ełk, Rytro, Krynica Zdrój, Nowe Skalmierzyce, Przechlewo).
Kiepsko wygląda większość gminnych programów przeciwdziałania alkoholizmowi i narkomanii. Są zbyt ogólnikowe, pisane "hasłowo" lub przepisywane z krajowych, bez uwzględnienia lokalnych potrzeb i warunków. Samorządy przeznaczają na ich realizację znikome kwoty - od 3,8 do 5,9 proc. dochodów z opłat. W części samorządów (w 2006 roku 35 proc., w 2007 - już tylko 17 proc. spośród skontrolowanych) na przeciwdziałanie narkomanii nie wydano ani grosza.
Po kontroli NIK wystosowała do prokuratury 13 zawiadomień o podejrzeniu popełnienia przestępstwa. Jedno dotyczyło poświadczenia nieprawdy przez członków gminnej komisji rozwiązywania problemów alkoholowych w Barczewie przy opiniowaniu wniosku o wydanie zezwolenia. W 12 przypadkach dotyczyły sprzedaży napojów alkoholowych bez zezwolenia. Brak decyzji ze strony gminy, stwierdzającej wygaśnięcie zezwolenia na handel alkoholem z powodu opóźnień w dokonywaniu wpłat (czego wymaga ustawa) stał się przyczyną kłopotów sprzedawców. Traktowali oni wygasłe zezwolenia jako nadal obowiązujące. Naraziło ich to na odpowiedzialność karną. Sprzedali alkohol wart blisko 95 mln zł. Gminy przyjęły za korzystanie z tych wygasłych z mocy prawa zezwoleń ponad 400 tys. zł. NIK proponuje wprowadzenie zmian w ustawie, które zobowiązałyby samorządy do obligatoryjnego cofnięcia zezwolenia w przypadku opóźnień w dokonywaniu wpłat przez przedsiębiorcę.
W ocenie NIK marszałkowie województw prawidłowo udzielali zezwoleń na hurtowy obrót napojami alkoholowymi, egzekwowali także w odpowiedniej wysokości (tzn. zgodnej z ustawą) od hurtowników opłaty za zezwolenia.