Polska przystępując do Unii Europejskiej zobowiązała się do wdrożenia unijnej dyrektywy dotyczącej oczyszczania ścieków komunalnych do 2015 r. Oznacza to - w uproszczeniu - budowę i modernizację oczyszczalni ścieków i systemów kanalizacji tak, aby spełniały unijne standardy - zarówno jeśli chodzi o ilość przetworzonych ścieków, jak również jakość procesu. Ścieki powinny spełniać określone normy dotyczące ilości niesionych zanieczyszczeń. Zakres i terminy prac (realizację tzw. celów pośrednich) określono w Krajowym Programie Oczyszczania Ścieków Komunalnych (KPOŚK), którego realizację badała NIK.
Do zakończenia kontroli nie ustalono ostatecznie aglomeracji biorących udział w programie. Wynika to z bałaganu organizacyjnego, a skutkuje błędami w sprawozdaniach, które tworzą nieprawdziwy obraz dotyczący stanu realizacji Programu. Dlatego wiedza administracji rządowej na ten temat może być ułomna. Za niepozostający bez wpływu na ostateczne dochowanie przyrzeczonych Unii terminów NIK uznała także zły przepływ informacji pomiędzy poszczególnymi gminami wiodącymi (tj. takimi, gdzie przewidziano koncentrację ścieków) w aglomeracjach.
Realizacja zadań przebiega w różnym tempie. W ok. 10% skontrolowanych gmin wiodących nie rozpoczęto realizacji zadań Programu (m.in. w zakresie oczyszczalni ścieków w Kietrzu, Teresinie, i Piotrkowie Trybunalskim; w zakresie budowy sieci kanalizacyjnej w: Kłodawie, Opocznie, Pyrzycach). W ponad połowie gmin NIK stwierdziła opóźnienia stwarzające poważne zagrożenie niedotrzymania terminu lub poziomu redukcji zanieczyszczeń w odprowadzanych ściekach. Tylko 17 na 54 badane gminy wiodące w aglomeracjach ma oczyszczalnie o wystarczającej przepustowości i sprawności.
Gminy muszą mieć precyzyjne dane nie tylko o ściekach z kanalizacji, ale także dotyczące ilości wywożonych zanieczyszczeń z szamb, by móc określić parametry oczyszczalni działających na swym terenie. W 12 spośród 54 skontrolowanych przez NIK urzędów gmin władze nie wiedziały ilu mieszkańców nie ma kanalizacji i ile ścieków wywozi się z szamb specjalnymi pojazdami (m.in. Piotrków Trybunalski, Radom, Toruń, Słupsk, Opoczno, Siemiatycze). W pozostałych 42 gminach wielkości te ustalano szacunkowo.
NIK stwierdziła, że gminy wykorzystały niewiele, bo ok. 25% z zaplanowanych w KPOŚK pieniędzy na budowy i modernizacje oczyszczalni i kanalizacji. Przyczyną są tu - zdaniem NIK - trudności w pozyskiwaniu środków przez gminy (m.in. długotrwałe procedurach rozpatrywania wniosków, zmieniające się kryteria przyznawania dofinansowania). W przypadku kanalizacji barierą był też (m.in.) tzw. wskaźnik koncentracji - 120 osób na 1 km sieci, co w praktyce eliminowało aglomeracje małe oraz te, gdzie domy są rozproszone.
