Zdaniem NIK zarządzanie państwowymi spółkami odbywało się przy biernej postawie właściciela. Jego rola ograniczała się jedynie do wdrażania ogólnych wskazań zapisanych w rządowych programach restrukturyzacji i prywatyzacji całych branż. Właściciel - Skarb Państwa - nie przekazywał swoim przedstawicielom żadnej wizji rozwoju poszczególnych przedsiębiorstw. Nie określano celów do osiągnięcia. Nie analizowano na bieżąco sytuacji ekonomiczno-finansowej firm. W konsekwencji system nadzoru nie stanowił skutecznego mechanizmu ostrzegawczego przed niekorzystnym rozwojem sytuacji w spółkach Skarbu Państwa. Brak nadzoru ułatwiał także działania na szkodę spółek - np. Rada Nadzorcza Textilipmex SA powołała na stanowisko Prezesa Zarządu osobę bez odpowiednich kwalifikacji. Spowodowało to powstanie dużej straty(1,8 mln zł).
W Ministerstwie Skarbu Państwa akceptowano stan, w którym walne zgromadzenia akcjonariuszy lub wspólników udzielały absolutorium członkom zarządu lub rad nadzorczych, którzy nieprawidłowo wywiązywali się ze swych obowiązków. Na przykład - Rada Nadzorcza Przedsiębiorstwa Usług Hotelarskich i Mieszkaniowych Sp. z o.o. udzieliła absolutorium Prezesowi Zarządu za rok 2005, zwolniwszy go uprzednio z zajmowanego stanowiska w związku z naruszeniem przez niego przepisów.
Duża płynność kadr w Ministerstwie SP, w komórkach zajmujących się nadzorem właścicielskim i liczne zmiany organizacyjne wewnątrz samego ministerstwa znacznie utrudniały sprawowanie właścicielskiego nadzoru nad państwowymi firmami. Każdorazowo po odejściu pracownika prowadzącego sprawę danej spółki zachodziła konieczność przydzielenia jej innej osobie. W 2006 roku tzw. wskaźnik rotacji spraw wyniósł 96%, co oznacza, że prawie dla każdej ze spółek zmienił się w ciągu roku pracownik prowadzący jej sprawy w MSP. W 2008 r. sytuacja się poprawiła i wskaźnik rotacji wyniósł 60%. Na jednego pracownika nadzoru przypadało w 2008 r. przeciętnie 11 spółek.
Dobremu zarządzaniu nie sprzyja na pewno "kadrowa karuzela" w spółkach. Tylko 2008 r. dokonano zmian w prawie połowie zarządów spółek, przy czym blisko 50 proc. tych zmian nie miało nic wspólnego z upływem kadencji członka zarządu. Także nabór członków do rad nadzorczych w latach 2004 - 2008, w 65% przypadków nie miał związku z upływem kadencji. Członków rad nadzorczych z ramienia Skarbu Państwa wybierano uznaniowo, gdyż procedury naboru były nieprzejrzyste. W Nafcie Polskiej SA w latach 2004-2008 funkcję Prezesa Zarządu Spółki pełniło siedem osób, a stanowiska dwóch członków Zarządu Spółki zajmowało 10 osób. Żaden członek Zarządu Spółki nie pełnił swej funkcji przez całą kadencję.
Powoływanie do rad pracowników Ministerstwa Skarbu Państwa lub członków korpusu służby cywilnej, co ma najczęściej miejsce, może powodować konflikt interesów. NIK zwraca uwagę, że członkowie rad nadzorczych zobowiązani do dbania o interes spółki, są jednocześnie zatrudnieni w Ministerstwie Skarbu Państwa, które ma nadzorować ich pracę. W 2008 r. 67% pracowników MSP zasiadało w dwóch lub jednej radzie nadzorczej firm państwowych, pobierając za to wynagrodzenie w wysokości jednej przeciętnej pensji sektorze przedsiębiorstw (w 2008 r. ok. 3 tys. zł).
NIK stwierdziła także przypadki omijania przepisów tzw. ustawy kominowej dotyczącej wynagradzania zarządów spółek Skarbu Państwa. Najczęściej wbrew prawu wypłacano nagrody w zawyżonej wysokości, deputaty węglowe, wydawano bony towarowe lub płacono na dodatkowe świadczenia emerytalne członkom zarządu.