NIK zgodnie z sugestią Prezesa Rady Ministrów zbadała, jak instytucje państwowe (Ministerstwo Rozwoju Regionalnego, Ministerstwo Infrastruktury, Centrum Unijnych Projektów Transportowych) monitorują realizację inwestycji mających dostosować infrastrukturę kolejową do standardów unijnych w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007 - 2013. Sprawny monitoring umożliwia korygowanie błędów zarówno na etapie planowania inwestycji, jak i podczas jej realizacji. Przyczynia się do optymalnego wykorzystania funduszy europejskich. W tym przypadku chodzi o dofinansowanie kwotą prawie 4,9 mld euro z Funduszu Spójności UE inwestycji kolejowych wartych ponad 7 mld euro.
Do tej pory nie powstał Lokalny System Informatyczny - ma być gotowy w III kwartale 2009 roku. Powinien być istotnym narzędziem kontroli i nadzoru nad wykonaniem inwestycji oraz ich finansowaniem. Kierownictwo Centrum Unijnych Projektów Transportowych (CUPT) usiłuje go stworzyć od stycznia 2008 roku. Sposób budowy systemu budzi wiele wątpliwości kontrolerów. Początkowo usiłowano go nabyć w drodze przetargu. Zrezygnowano po trzech miesiącach i zdecydowano o zatrudnieniu firmy Omega Software. Wybór ten nie był poprzedzony analizą możliwości firmy i okazał się nietrafiony, zatem w lipcu 2008 roku zdecydowano, że system opracują informatycy zatrudnieni przez CUPT.
NIK uważa, że opracowywanie podstawowych dokumentów, które zawierają procedury działania poszczególnych instytucji, trwa zbyt długo. CUPT opracowywało "Instrukcję Wykonawczą" z opóźnieniem 15 miesięcy (określa ona procedury kontroli, monitorowania nadzoru przygotowania i realizacji projektów). Z kolei "Instrukcja Wykonawcza" Ministra Transportu zatwierdzona została z opóźnieniem 14 miesięcy (już po zakończeniu kontroli).
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego powinno zdaniem NIK zadbać o wyraźne określenie jednego wykonawcy odpowiedzialnego przy podpisywaniu umów na realizację projektów. To on w kontaktach z UE jest odpowiedzialny za ich realizację i rozliczenia finansowe. Ma to znaczenie w przypadku, gdy oprócz PKP PLK w projekcie uczestniczą inne podmioty, np. gminy.