Od lat 60. przeterminowane środki ochrony roślin składowano w tzw. mogilnikach (betonowych lub ceglanych zbiornikach zagrzebanych w ziemi lub ulokowanych w starych obiektach militarnych). Na początku lat 90., wraz ze wzrostem świadomości ekologicznej, rozpoczęto poszukiwanie, inwentaryzowanie i niszczenie tych skupisk toksycznych substancji, zagrażających środowisku naturalnemu.
Kontrola wykazała, że Minister Środowiska oraz urzędy marszałkowskie zaniedbują monitoring terenów po zlikwidowanych mogilnikach pod kątem emisji zanieczyszczeń do środowiska. Większość terenów po zlikwidowanych 216 mogilnikach w ogóle nie była monitorowana lub brakowało informacji na ten temat (problem dotyczy aż 147 miejsc). W 37 przypadkach badania takie prowadzono, ale resort nie miał ich wyników. Ani minister, ani samorządy nie podejmowały też realnych działań w kierunku poprawy sytuacji. Np. większość z tych instytucji nie zleciła odpowiedniego badania jakości wód podziemnych w bezpośrednim sąsiedztwie zlikwidowanych obiektów, które jest podstawowym wskaźnikiem świadczącym o braku skażeń pestycydami.
Minister Środowiska nie podejmował także działań motywujących samorządy do poszukiwania jeszcze nieodkrytych mogilników. Nie robił tego, choć miał informacje, że działania takie nie są prowadzone. W efekcie zadanie to realizowali nieliczni starostowie. NIK ostrzega, że grozi to pozostawieniem w ziemi składowisk pestycydów, które mogą być tykającą bombą ekologiczną.
Przyjęty w 2006 r. Krajowy plan gospodarki odpadami 2010 przewidywał likwidację wszystkich składowisk do końca 2010 roku. Do 30 czerwca 2011 r. zlikwidowano ponad 90 proc. przeterminowanych środków ochrony roślin, ulokowanych w 211 zinwentaryzowanych mogilnikach. Koszty tej operacji wyniosły co najmniej 175 mln zł. Z pozostałych 31 obiektów 20 było w trakcie likwidacji (12 w województwie zachodniopomorskim, siedem w łódzkim oraz jeden w warmińsko-mazurskim). W przypadku 11 mogilników prac jeszcze nie rozpoczęto (pięć w województwie podlaskim, dwa w zachodniopomorskim, dwa w dolnośląskim, po jednym w mazowieckim i opolskim).
Zdaniem NIK główną przyczyną niewykonania założeń planu był brak jednoznacznego określenia w przepisach organu administracji odpowiedzialnego za likwidację składowisk. W efekcie kontrolerzy natknęli się na sytuację przerzucania odpowiedzialności - w skontrolowanych urzędach marszałkowskich panowało przekonanie, że likwidacja mogilników należy do kogoś innego. Wskazywano na Lasy Państwowe, starostów, gminy, prezydentów i burmistrzów miast czy właścicieli terenów. Jednak zdaniem Ministerstwa Środowiska - które podziela NIK - to zadanie samorządów województw, gdyż tylko one są w stanie na swoim terenie przeprowadzić ten proces kompleksowo.
Sam proces likwidacji mogilników przebiegał prawidłowo. NIK dokładnie prześledziła działania przy likwidacji 37 z 43 mogilników w latach 2009-2010 w czterech województwach: mazowieckim, łódzkim, kujawsko-pomorskim i zachodniopomorskim. Kontrola pokazała, że dochowano wszystkich procedur, prawidłowo transportowano i unieszkodliwiono przeterminowane środki ochrony roślin.
