Marszałkowie skontrolowanych województw prawidłowo udzielali koncesji na wydobywanie kopalin pospolitych (m.in. piasków, żwiru, wapieni, iłów). W przeciwieństwie do nich - starostowie popełniali szereg istotnych błędów przy wydawaniu pozwoleń i nadzorowaniu eksploatacji kopalin: przede wszystkim nie sprawdzali w terenie, czy przedsiębiorcy prowadzą wydobycie zgodnie z koncesją, a także niezbyt wnikliwie weryfikowali przedkładane przez przedsiębiorców dokumenty, dotyczące wielkości wydobycia i wpłat z tytułu tzw. opłaty eksploatacyjnej. W efekcie nie naliczano przedsiębiorcom „z urzędu” opłat eksploatacyjnych - gdy sami nie wywiązywali się z tego obowiązku, ani opłat podwyższonych - gdy istotnie naruszali warunki koncesji.
Starostowie nie posiadali pełnej informacji o znajdujących się na obszarze ich powiatów wyeksploatowanych wyrobiskach, pochodzących nawet z lat sześćdziesiątych ubiegłego wieku. Nie mieli także wiarygodnych danych na temat świeżych wyrobisk, na których obecnie dochodzi do nielegalnego wydobycia kruszywa. Zdarzały się przypadki, że starostowie nie podejmowali działań nawet wtedy, kiedy wiedzieli o nielegalnym wydobyciu:
- Marszałek Województwa Warmińsko-Mazurskiego poinformował starostę ostródzkiego o wydobyciu poza obszarem koncesji ok. 10 tys. ton kruszywa. Starosta wszczął postępowanie wyjaśniające dopiero w związku z kontrolą NIK.
- Starosta szczycieński ustalił, że przedsiębiorca prowadzący działalność budowlaną wydobył z nielegalnego wyrobiska ok. 3 tys. ton kruszywa - nie naliczył jednak karnej opłaty eksploatacyjnej (115 tys. zł), a organy ścigania powiadomił dopiero w wyniku kontroli Izby.
W czterech z sześciu skontrolowanych gmin - Kozłowo, Oleśnica, Michałów, Morąg - nie uchwalono obowiązkowych miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego dla większości ustanowionych na ich obszarze terenów górniczych, choć koszty tego ponosić mieli przedsiębiorcy. Stwierdzono także przypadek nierzetelnego uzgodnienia przez wójta lokalizacji dwóch zakładów wydobywczych, wbrew zapisom planu, który przewidywał prowadzenie na tym terenie agroturystyki i rolnictwa ekologicznego (Nidzica).
Kontrolerzy podkreślają, iż nieprawidłowości w starostwach wynikały przede wszystkim z braku geologów (w żadnym ze skontrolowanych starostw nie było geologów powiatowych), nierzetelnego wykonywania obowiązków przez pracowników starostw lub błędnej interpretacji obowiązującego prawa.
Przedsiębiorcy eksploatujący kopaliny dbali o to, by ograniczać ujemny wpływ wydobycia na środowisko (m.in. prawidłowo dokonywali rekultywacji wyeksploatowanych obszarów). Nie zawsze jednak rzetelnie wywiązywali się oni z zobowiązań z tytułu opłaty eksploatacyjnej, dokonując wpłat ze znacznym opóźnieniem lub w niepełnej wysokości. Mimo że przedsiębiorcy ostatecznie regulowali swoje zobowiązania, to dało się zauważyć, iż przedłużanie terminu wpłat było dla wielu z nich formą kredytowania bieżącej działalności, kosztem gmin i Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, którym te opłaty się należą.
Lasy Państwowe przestrzegały wymogów racjonalnej gospodarki leśnej przy wydzierżawianiu przedsiębiorcom gruntów leśnych pod eksploatację kopalin. Prawidłowo wyłączano czasowo te grunty z zagospodarowania leśnego, uzgadniając jednocześnie zasady przywrócenia gruntom ich pierwotnej funkcji po zakończeniu eksploatacji. Uwagę NIK zwróciło natomiast istotne, nie zawsze uzasadnione, zróżnicowanie stawek czynszu dzierżawnego. Spowodowane było to brakiem (w okresie objętym kontrolą) jednolitych zasad jego naliczania. Stwierdzono m.in. przypadek, gdzie różnica w stawkach rocznych za dzierżawę 1 ha (dla tych samych kopalin, ale różnych przedsiębiorców) wynosiła aż 28 tys. zł. Lasy Państwowe dostrzegły ten problem i w grudniu 2009 r. (w czasie trwania kontroli NIK) Dyrektor Generalny Lasów Państwowych wydał zarządzenie określające zasady jednolitego ustalania czynszu dzierżawnego.
