Od 2007 roku znacznie poprawiła się infrastruktura sanitarna w gminach Regionu Wielkich Jezior Mazurskich. Do końca 2011 roku dwukrotnie wzrosła długość sieci kanalizacji sanitarnej (z ok. 360 do prawie 750 km). Powstało także ponad 113 km sieci wodociągowej. Z sieci tych korzysta prawie 11 tys. osób. Gminy zmodernizowały trzy oczyszczalnie ścieków i stację uzdatniania wody, co sprawiło, że do Wielkich Jezior Mazurskich wpada mniej szkodliwych dla środowiska substancji. Inwestycje w blisko 75 proc. finansowane były w ramach programu „MASTERPLAN dla Wielkich Jezior Mazurskich”, dofinansowanego ze środków Unii Europejskiej i obejmującego lata 2007 - 2013. Do końca 2011 roku gminy wydały prawie 100 mln zł. Dotychczas zakończono sześć projektów, realizacja pozostałych ośmiu trwa. Biorąc pod uwagę obecny stan zaawansowania prac i osiągnięte już rezultaty, istnieje duże prawdopodobieństwo, że program zostanie wykonany.
Kontrolerzy sprawdzili 11 gmin - wszystkie, które realizują projekty w ramach MASTERPLANU. W niektórych stwierdzili nieprawidłowe działania przy prowadzeniu inwestycji. Spośród 55 zamówień publicznych jedno udzielono z naruszeniem prawa (Dźwierzuty), natomiast w trzech innych przypadkach bezprawnie zmieniono umowy (Ryn, Dźwierzuty, Wydminy). Pięć gmin (Biała Piska, Pozedrze, Ruciane-Nida, Ryn, Dźwierzuty) odebrało i zapłaciło za inwestycje wykonane źle lub zbyt późno. W trzech nie naliczono nawet kar umownych z tego powodu (gmina Ryn nie wyegzekwowała prawie 300 tys., a Świętajno niemal 140 tys. zł). Skrajną nieodpowiedzialnością wykazały się władze gminy Ruciane-Nida, które zapłaciły za nieużyteczny projekt instalacji wodociągowej i kanalizacyjnej prawie 200 tys. zł, po czym musiały zamówić drugi projekt. W rezultacie termin zakończenia inwestycji opóźnił się, co grozi utratą dofinansowania ze środków unijnych. W czterech gminach (Piecki, Wydminy, Gołdap, Stare Juchy) kontrolerzy wykryli przypadki łamania prawa budowlanego na różnych etapach inwestycji. Dochodziło np. do rozpoczynania budowy bez pozwolenia. Zdarzało się również, że realizujący inwestycję nie mieli wymaganych prawem dokumentów, np. książki obiektu budowlanego. O tych sytuacjach NIK powiadomiła prokuraturę i organy nadzoru budowlanego.
