Budynki mieszkalne pozostałe po zlikwidowanych państwowych gospodarstwach rolnych są w coraz gorszym stanie technicznym, a niektóre wręcz zagrażają bezpieczeństwu mieszkających w nich ludzi. Na 150 zbadanych w czasie kontroli budynków prawie połowa wymagała kompleksowych remontów. Wykonywane naprawy ograniczane są zaledwie do usuwania najgroźniejszych awarii lub ratowania budynku przed zawaleniem, więc nie poprawiają ogólnego stanu technicznego. W efekcie coraz więcej mieszkań musi być wyłączanych z eksploatacji, powiększając w ten sposób liczbę pustostanów. W 2010 r. ich odsetek wyniósł już 11 proc. Gospodarująca nimi Agencja Nieruchomości Rolnych, nie sprzedając ani nie likwidując pustostanów, wydała na nie w ciągu dwóch lat prawie 4,4 mln zł.
Straty przynoszą też budynki zamieszkane. Ich utrzymanie kosztuje Agencję więcej niż wynoszą przychody uzyskane z czynszów. W roku 2008 Agencja musiała dopłacić do nich ponad 32 mln zł, a w roku 2009 prawie 30 mln. Sytuację pogarszają olbrzymie zaległości lokatorów w opłatach, sięgające ponad 28,5 mln zł. Administratorzy nie podejmują wysiłków, aby te pieniądze odzyskać. Ponadto w czterech przypadkach kontrola wykryła przypadki korzystania z lokali bez żadnej umowy, co może rodzić podejrzenia o korupcję.
Z prawie 337 tys. mieszkań pozostałych po PGR-ach na początku lat 90., w zasobie Własności Rolnej Skarbu Państwa wciąż pozostaje ok. 12 tysięcy. Jeśli obecne tempo przekazywania mieszkań utrzyma się, Agencja nie pozbędzie się ich jeszcze przez kilkanaście lat. Trudno jednak znaleźć zainteresowanego kupnem lub przejęciem lokali. Gminy i spółdzielnie mieszkaniowe obawiają się złego stanu technicznego budynków oraz kłopotów, jakich mogą im przysporzyć dotychczasowi lokatorzy.
NIK zwraca uwagę, że Agencja nie ma pełnej wiedzy ani o powierzchni mieszkań popegeerowskich, ani o ich wartości. Sprawozdania oddziałów terenowych sporządzane są w oparciu o niewiarygodne dane. W siedmiu na osiem skontrolowanych oddziałów kontrolerzy natrafili na nieprawidłowości w ewidencji, polegające na rozbieżnościach co do liczby, powierzchni oraz wartości mieszkań. Dane te różniły się nawet w poszczególnych jednostkach agencji. Powodem jest zła organizacja pracy w oddziałach oraz rozproszenie odpowiedzialności między poszczególnymi urzędnikami.
NIK zwraca uwagę na słabość nadzoru Biura Prezesa ANR nad gospodarką mieszkaniową. Nie kontrolowało ono tej dziedziny wcale, uznając ją za niewiele znaczącą w skali wszystkich zadań Agencji. W bardzo ograniczonym zakresie kontrole prowadziły jedynie oddziały terenowe. Tymczasem w czasie kontroli NIK wykryte zostały poważne błędy w spisach z natury sporządzonych w czasie inwentaryzacji mieszkań. W 15 na 25 przypadków administratorzy nie uwzględniali budynków w ewidencji, wprowadzali z opóźnieniem zmiany lub nie odnotowywali, że budynki są wykorzystywane niezgodnie z przeznaczeniem. NIK o takich przypadkach zawiadamiała na bieżąco organy ścigania, m. in. Prokuraturę, Urzędy Skarbowe i Urzędy Nadzoru Budowlanego.
