Pomimo niezaprzeczalnych walorów Regionu Wielkich Jezior Mazurskich jego wody przez wiele lat były silnie zanieczyszczane, m.in. z powodu zaniedbań w budowie kanalizacji sanitarnej. Ostatnio sytuacja uległa poprawie. Dzięki rozbudowie infrastruktury kanalizacyjnej, pod koniec 2014 r. stopień skanalizowania ośmiu, objętych kontrolą gmin, wahał się od 49 do 95 proc. Dlatego obecnie znacznie mniej szkodliwych substancji jest odprowadzanych do wód. Jednak NIK zwraca uwagę, że stopień skanalizowania skontrolowanych gmin mógłby być jeszcze lepszy. Pomimo wydatkowania przez te gminy ponad 200 mln zł na rozbudowę i modernizację zbiorczych systemów kanalizacji sanitarnej, wójtowie i burmistrzowie nie egzekwowali od mieszkańców realizacji obowiązku przyłączenia nieruchomości do wybudowanych sieci. Skutkiem tego na terenie 369 nieruchomości, które miały techniczne możliwości podłączenia do sieci kanalizacyjnej, nadal użytkowano bezodpływowe zbiorniki na ścieki tzw. szamba.
Dodatkowo kontrola NIK wykazała, że gminy nieskutecznie lub wcale nie nadzorowały wykonywania przez właścicieli nieruchomości obowiązku opróżniania szamb. Dlatego ścieki z wielu nieskanalizowanych gospodarstw domowych nie trafiały do oczyszczalni. W żadnej gminie nie sprawdzano również częstotliwości i sposobu usuwania osadów ściekowych z przydomowych oczyszczalni ścieków. Nie nadzorowano także, czy przedsiębiorcy świadczący usługi opróżniania zbiorników bezodpływowych i transportu nieczystości do oczyszczalni, należycie wywiązywali się ze swoich zadań. Spośród 34 takich przedsiębiorców skontrolowano zaledwie jednego. Praktycznie poza nadzorem gmin pozostawały również podległe im przedsiębiorstwa wodno-kanalizacyjne zarządzające gminnymi oczyszczalniami ścieków oraz siecią kanalizacji sanitarnej. W latach 2014-2015 tylko jedna gmina skontrolowała podległe sobie przedsiębiorstwo.
Na ekosystem wodny Wielkich Jezior Mazurskich negatywnie oddziałują także ścieki pochodzące z wód opadowych i roztopowych. Objęte kontrolą gminy nie miały pełnego rozeznania co do znajdującej się na ich terenach sieci kanalizacji deszczowej oraz powierzchni utwardzonych (dróg, placów, parkingów itp.), z terenu których pochodziły ścieki z wód opadowych i roztopowych. W żadnej gminie problemu prawidłowego gospodarowania takimi ściekami nie rozwiązano w dostatecznym stopniu, skutkiem czego w wielu przypadkach odprowadzane były one do wód bez uprzedniego ich podczyszczenia.
Zaledwie jedna, spośród ośmiu skontrolowanych gmin miała aktualny gminny program ochrony środowiska, określający jej politykę w tym zakresie i stanowiący podstawę do działań w tym obszarze.
Tylko dwie gminy dysponowały danymi dotyczącymi zmian jakości wody w jeziorach, do których były odprowadzane oczyszczone ścieki. Również Wojewódzki Inspektor Ochrony Środowiska nie dysponował danymi umożliwiającymi określenie stopnia zmian jakości wody w jeziorach. Realizował wprawdzie Program państwowego monitoringu środowiska województwa warmińsko-mazurskiego, obejmujący wody Wielkich Jezior Mazurskich, jednak jego wyniki mogą być podstawą do dokonania stosownych ocen dopiero po zakończeniu cyklu zaplanowanych badań, tj. po 2021 r.
