Kontrola wykazała, że uzyskiwane przez jednostki samorządu terytorialnego kwoty oświatowej subwencji ogólnej na funkcjonowanie na ich terenie szkół niepublicznych stanowiły wystarczające źródło dochodów na wydatki związane z udzielaniem dotacji dla tych szkół. Tylko część środków pochodzących z subwencji oświatowej, jakie otrzymywały powiaty na funkcjonowanie szkół niepublicznych była przeznaczana na ich dotowanie. We wszystkich skontrolowanych powiatach ujawniono nieprawidłowości przy udzielaniu dotacji. Przede wszystkim powiaty nie przestrzegały zasad ustalania wysokość dotacji dla szkół niepublicznych. W uchwałach rad powiatów nieprawidłowo wskazywano tryb udzielenia i rozliczania dotacji, w szczególności pomijając podanie podstawy obliczania dotacji w przypadku braku na ich terenie szkół tego samego typu i rodzaju, co ubiegająca się szkoła niepubliczna. Zgodnie z obowiązującymi uregulowaniami prawnymi, do ustalania wysokości dotacji powinny być przyjmowane wydatki bieżące ponoszone przez dany powiat w szkołach publicznych tego samego typu i rodzaju a w przypadku braku takich szkół, wydatki ponoszone przez najbliższy powiat na prowadzenie szkoły publicznej danego typu lub rodzaju. Brak ustawowej definicji pojęcia „najbliższy powiat” pozwalał praktycznie na dowolną interpretację tego pojęcia przez powiaty, co skutkowało uznaniowością i brakiem jednolitości w tym zakresie. Dobór najbliższego powiatu, z którego pochodziły dane porównawcze miał bezpośredni wpływ na wysokość podstawy obliczania dotacji, a tym samym na ostateczną jej kwotę. Na przykład zarząd powiatu gnieźnieńskiego, ustalając wysokość dotacji dla liceum ogólnokształcącego dla dorosłych, jako podstawę obliczenia dotacji przyjął wydatki ponoszone w powiecie pleszewskim - 133,07 zł (który nie sąsiaduje z powiatem gnieźnieńskim). Przyjęta podstawa obliczenia dotacji była najniższa spośród danych zebranych w tym zakresie w innych powiatach.
Kontrola wykazała również, że decyzje w zakresie sposobu obliczania dotacji podejmowały zarządy powiatów, podczas gdy należało to do ustawowych kompetencji rad powiatów.
NIK źle oceniła także nadzór samorządów nad szkołami niepublicznymi. Stwierdzono, że powiaty w niedostatecznym stopniu korzystały z prawa kontrolowania prawidłowości wykorzystania dotacji przyznanych szkołom. Zdarzały się też przypadki wykraczania w toku tych kontroli poza zakres uprawnień jednostki samorządu terytorialnego. Pomimo stwierdzonych nieprawidłowości NIK pozytywnie ocenia działalność szkół niepublicznych w zakresie: prowadzenia baz danych systemu informacji oświatowej, informowania powiatów o aktualnej liczbie słuchaczy, rozliczania uzyskanych dotacji. Nieprawidłowości w szkołach dotyczyły głównie wykazywania w miesięcznych informacjach do jednostki samorządu terytorialnego mniejszej liczby uczniów niż wynikało z dokumentacji nauczania.
W związku ze stwierdzonymi nieprawidłowościami, NIK zaproponowała zmiany sposobu obliczania dotacji dla szkół niepublicznych, w których nie jest realizowany obowiązek nauki lub obowiązek szkolny.
