W latach 2005-2008 dokonano konsolidacji spółek elektroenergetycznych w czterech grupach kapitałowych (PGE Polska Grupa Energetyczna SA, Energetyka Południe SA (od 15.11.2007 Tauron Polska), ENEA SA i ENERGA SA). Osiągnęły one mocne pozycje na rynku zwiększając swoje możliwości rozwoju. Zlikwidowano wszystkie kontrakty długoterminowe na dostawę prądu, co pozwoliło na wprowadzenie mechanizmów rynkowych na rynku energii elektrycznej. Utworzono jednoosobową spółkę Skarbu Państwa pełniącą funkcję operatora systemu przesyłowego PSE Operator SA. Operator jest właścicielem sieci najwyższych napięć i zapewnia przesyłanie prądu od producenta do dystrybutorów (np. w miastach) i gwarantuje równy dostęp do rynku zarówno dostawcom, jak i odbiorcom energii elektrycznej. Rozdzielono również dystrybucję prądu od produkcji i sprzedaży. Lecz choć formalnie operatorzy zajmujący się dystrybucją zyskali niezależność, w praktyce nadal realizowano usługi wspólnie - dla nich i dla spółek zajmujących się sprzedażą energii. Wbrew przepisom dystrybutorzy posiadali akcje spółek zależnych. Dokonywano zmian w zarządach spółek dystrybucyjnych z naruszeniem prawa. Ponadto, Prezes Urzędu Regulacji Energetyki nie posiadał uprawnień niezbędnych do egzekwowania wymogu niezależności operatorów a w rezultacie równego dostępu dostawców do sieci dystrybucyjnych.
Plan prywatyzacji utworzonych grup energetycznych zrealizowano tylko w odniesieniu do ENEA SA. Jednak i tu wystąpiły nieprawidłowości mające niekorzystny wpływ na wysokość przychodów z prywatyzacji - m.in. opieszałość działań zarządu spółki i niekorzystna umowa z doradcą prywatyzacyjnym. Spośród 17 spółek nieobjętych konsolidacją sprywatyzowano jedynie 4 (Zespół Elektrociepłowni w Łodzi SA, Zespół Elektrociepłowni Bydgoszcz SA, Elektrociepłownia Zduńska Wola sp. z o.o. i Przedsiębiorstwo Energetyczne Megawat sp. z o.o.). Przyczyną ograniczonego zakresu prywatyzacji była zmienność decyzji Ministra SP. Na przykład - wstrzymano sprzedaż akcji 5 spółek, w tym 2 już po parafowaniu umów korzystnych zarówno dla Skarbu Państwa jak i samych spółek (Elektrociepłownia Tychy SA i Zespół Elektrowni Dolna Odra SA). Miało to miejsce w 2006 r., za wyjątkiem EC Tychy SA, której sprzedaż wstrzymano we wrześniu 2007r. Spowodowało to utratę przez państwo potencjalnych wpływów z prywatyzacji w wysokości ponad 2 mld zł. W dwóch spośród trzech objętych kontrolą zrealizowanych prywatyzacji nie zabezpieczono interesu prywatyzowanych podmiotów - umowy nie zapewniały sfinansowania inwestycji ze środków inwestora (ZEC Bydgoszcz SA i EC Zduńska Wola Sp. z o.o.).
Czynnikiem ograniczającym ekonomiczne efekty restrukturyzacji wewnętrznej spółek oraz całego sektora elektroenergetycznego były gwarancje zatrudnienia i wieloletnie świadczenia socjalne na rzecz pracowników, wynikające z umów zawartych między organizacjami związkowymi, a zarządami spółek. Świadczenia te podnoszą koszt działalności przedsiębiorstw energetycznych, co ma pośrednio negatywny wpływ na cenę energii.
Minister Gospodarki nie podjął lub prowadził przewlekle prace legislacyjne zmierzające m.in. do liberalizacji rynku oraz usuwania barier rozwojowych. Nie powstały rozwiązania systemowe wspierające budowę nowych mocy wytwórczych energii, nie wykonano nawet wstępnych zadań związanych z programem energetyki jądrowej. Brak było stosownych przepisów ułatwiających przedsiębiorstwom energetycznym inwestycje w infrastrukturę. Wszystko to wpływa niekorzystnie na bezpieczeństwo dostaw energii. NIK ocenia, że bezpieczeństwo dostaw prądu odbiorcom końcowym jest istotnie ograniczone także z uwagi na obecny stan sieci dystrybucyjnych. Sieci, urządzenia wytwarzające prąd i infrastruktura są stare. Ich stan może się jeszcze pogarszać, gdyż występują trudności w realizowaniu inwestycji przez spółki, m.in. dlatego, że nie ma odpowiednich rozwiązań prawnych ułatwiających proces inwestycyjny.