W Polsce do 2005 r. za przejazd autostradami pobierane były zarówno opłaty za korzystanie z dróg krajowych (tzw. opłaty winietowe), jak i za przejazd autostradami (opłaty na bramkach). System ten był niezgodny z postanowieniami dyrektywy unijnej, która stanowi, że w tym samym czasie nie można za przejazd po tym samym odcinku drogi pobierać równocześnie obu opłat. Dlatego wprowadzone zostały przepisy zwalniające z opłat za przejazd autostradami samochody, za które uiszczona została opłata winietowa. Pojazdy te mogły poruszać się autostradami za okazaniem zakupionej karty opłaty drogowej (winiety), a spółce eksploatującej autostradę miała przysługiwać ze strony Skarbu Państwa rekompensata za utracone środki finansowe.
System rozliczeń rekompensat za bezpłatne przejazdy autostradami już od czasu wprowadzenia go w życie wykazywał poważne uchybienia. Przeprowadzona od 15 października do 30 grudnia 2009 r. kontrola NIK ujawniła nieprawidłowości w działaniach urzędników ministerstwa Infrastruktury oraz Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad, którzy nie zabezpieczyli odpowiednio interesu Skarbu Państwa i nie zapewnili rzetelnego rozliczania rekompensat. Doprowadziło to do sytuacji, w której z Krajowego Funduszu Drogowego przez okres kilku lat wypłacane były spółkom zawyżone kwoty, a ich ewentualny zwrot następował bez jakichkolwiek odsetek.
Autostrada A2
Aneks do umowy dotyczący rekompensat zawarty z koncesjonariuszem autostrady A2 od początku zawierał zapisy niekorzystne dla strony państwowej oraz niezgodne z obowiązującym prawem. Doprowadziło to do sytuacji, w której państwo wypłaciło firmie AW S.A. nadpłatę, sięgającą na koniec listopada 2009 r. ok. 170 mln zł. Z każdym miesiącem kwota ta powiększa się, a państwo nie potrafi jej odzyskać. Nawet jeśli uda się ostatecznie wynegocjować jej zwrot, nastąpi on - zgodnie z niekorzystną dla państwa umową - bez odsetek.
NIK ustaliła, że w październiku 2007 r. podczas negocjowania nowej stawki refundacyjnej nie uzgodniono jej - jak każe ustawa o autostradach - z właściwym ministrem. Furtkę do takiej możliwości otwierały zapisy w aneksie do umowy z koncesjonariuszem z 14 października 2005 roku. Jednak zdaniem NIK były one niezgodne z obowiązującym prawem.
W przypadku propozycji nowej stawki ze strony spółki umowa nakładała na GDDKiA obowiązek zajęcia stanowiska i powiadomienia o nim koncesjonariusza w ustalonym terminie. Przewidywała również, że brak takiego powiadomienia oznacza, iż rekomendowana przez AW S.A. stawka refundacyjna zostaje zaakceptowana. Generalny Dyrektor Dróg Krajowych i Autostrad dopuścił się poważnego zaniedbania i nie ustosunkował się, w wyznaczonym do 15 października terminie, do propozycji spółki, która w konsekwencji zaczęła egzekwować wypłatę rekompensat według odpowiednio zwiększonej, zaproponowanej przez siebie stawki.
Najwyższa Izba Kontroli stwierdziła, że w ten sposób z Krajowego Funduszu Drogowego wypłacono AW S.A., w okresie od 1 listopada 2007 r. do 30 listopada 2009 r., nienależne pieniądze w wysokości około 170 mln zł.
Sytuacja skomplikowała się jeszcze bardziej, gdy ekspertyza zewnętrznej firmy doradczej wykazała, że cała umowa z AW S.A. dotycząca rekompensat zawarta została w 2005 roku w oparciu o nierzetelny model finansowy przedsięwzięcia. To doprowadziło do zawyżenia wypłacanych AW S.A. kwot już od samego początku działania systemu rekompensat. Minister Infrastruktury w listopadzie 2008 roku, gdy powziął wiedzę o wprowadzeniu go w błąd, zgodnie z przysługującym mu prawem uchylił się od skutków zawartej ze spółką umowy i zastrzegł, że wypłacane kwoty rekompensat mogą podlegać zwrotowi, jako świadczenie nienależne.
Wciąż trwają przeciągające się negocjacje ze spółką, a GDDKiA już bez właściwej umowy w dalszym ciągu wypłaca zawyżone rekompensaty, tłumacząc się obowiązkiem wynikającym z ustawy o autostradach.
Autostrada A4
Generalny Dyrektor Dróg Krajowych i Autostrad dopuścił także do nadpłaty środków wypłacanych koncesjonariuszowi autostrady A 4 (spółce SAM S.A.) w wysokości około 30 mln zł, przeciągając negocjacje w sytuacji, gdy wiedział (od sierpnia 2006 r.), że model finansowy służący do wyliczenia refundowanych kwot jest nieaktualny. Przez niemal dwa lata GDDKiA ponosiła dodatkowe koszty związane z zatrudnieniem do negocjacji firm doradczych, a comiesięczne wypłaty rekompensat przekazywane były na rzecz SAM S.A. w zawyżonej kwocie. Nadpłata środków finansowych przekazanych na rzecz spółki, (w okresie od 1 maja 2007 r. do 28 lutego 2009 r.), wyniosła ogółem 31 mln zł.
Po zawarciu w lutym 2009 roku porozumienia pomiędzy Ministrem a koncesjonariuszem kwota ta została zwrócona, jednak zwrot nadpłaty nastąpił, zdaniem NIK, na warunkach niekorzystnych dla Skarbu Państwa. SAM S.A. zwróciła nadpłatę w ratach, spłacanych od lutego do października 2009 r., bez odsetek za wielomiesięczny okres korzystania z tego kapitału. Jak wyliczyła NIK, odsetki wyniosłyby ok. 1,5 mln złotych.
Autostrada A1
Umowa o budowę i eksploatację autostrady A1, w odróżnieniu od umów dotyczących autostrad A2 i A4, nie została dostosowana do zmienionego w 2005 r. prawa. Ustalenia z GTC S.A. określały zasady rozliczeń z państwem w ramach tzw. „Gwarantowanego Przychodu z Opłat” (GPO). Po wejściu w życie przepisów art. 37a ustawy o autostradach płatnych spółka nie inkasowała pieniędzy od samochodów legitymujących się winietami, a urzędnicy GDDKiA doszli do wniosku, że skoro system działający w oparciu o GPO jest satysfakcjonujący dla obu stron, można zaniechać dostosowania go do narzuconego przez ustawę obowiązku rekompensat.
Według NIK doszło w konsekwencji do stworzenia zagrożenia dla interesów Skarbu Państwa. Spółce GTC S.A. w dalszym ciągu przysługuje potencjalne roszczenie o wypłatę rekompensat, i to pomimo otrzymywania wynagrodzenia w ramach GPO. To skutek niedostosowania umowy do ustawy, która w porządku prawnym jest aktem nadrzędnym. Suma opłat nie pobranych za przejazd autostradą A1 wyniosła w latach 2008 - 2009 (do listopada) ok. 46,5 mln zł.
Sytuacja stworzona przez organy administracji rządowej wokół systemu rekompensat może spowodować wielomilionowe straty w budżecie państwa. NIK w związku z ustaleniami skierowała do Prokuratury zawiadomienie o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia przez funkcjonariuszy Ministerstwa Infrastruktury i GDDKiA przestępstwa, polegającego na wyrządzeniu szkody majątkowej w wielkich rozmiarach, w związku z nadużyciem przez nich uprawnień lub niedopełnieniem obowiązków służbowych.
