Jacek Kościelniak z NIK oraz Daniela Morgante z najwyższego organu kontroli Włoch przeprowadzili roczne badanie Sprawozdania Finansowego EUISS oraz jego Funduszu Emerytalnego. Audyt został wykonany na podstawie Międzynarodowych Standardów Audytu INTOSAI.
Jacek Kościelniak o audycie w Europejskim Instytucie Badań Strategicznych
Kontrolerzy stwierdzili, że Sprawozdanie Finansowe EUISS rzetelnie i jasno przedstawia sytuację Instytutu i nie zawiera istotnych błędów. Zwrócili jednak uwagę na cały szereg uchybień, w tym brak polityki antykorupcyjnej, niewystarczające zabezpieczanie danych, nieinwentaryzowanie środków trwałych, brak kontroli zarządczej oraz niewykorzystywanie uniwersalnej metodologii rachunkowości.
Po wnikliwej analizie materiałów dostarczonych przez polsko-włoski zespół Kolegium Audytorów EUISS postanowiło wydać Instytutowi szereg rekomendacji dotyczących stwierdzonych przez Kościelniaka i Morgante nieprawidłowości. Zarząd Instytutu już rozpoczął ich realizację.