Każdego roku największym przedsięwzięciem NIK jest kontrola wykonania budżetu państwa. Biorą w niej udział wszystkie departamenty i delegatury, czyli w sumie 24 jednostki. Inspektorzy kontrolują kilkaset instytucji i urzędów (przykładowo 371 w 2009 r.). Podsumowaniem ich pracy jest obszerny dokument pt. Analiza wykonania budżetu państwa i założeń polityki pieniężnej, którą prezes NIK prezentuje na posiedzeniu plenarnym Sejmu.
Innymi przedsięwzięciami Izby, wymagającymi dużych nakładów sił i środków, są kontrole koordynowane. W audyt weryfikujący dostępność usług medycznych w Polsce prócz Departamentu Pracy, Spraw Socjalnych i Zdrowia zaangażowanych było 15 delegatur. Skontrolowano 46 szpitali w całej Polsce. Audyt rozpoczął się na początku sierpnia 2009 roku. Samo postępowanie kontrolne trwało niemal 6 miesięcy. Po kontroli powstało kilkadziesiąt protokołów dokumentujących jej przebieg i wyniki oraz 49 wystąpień pokontrolnych. W końcowym raporcie wzięto również pod uwagę wyjaśnienia kierowników skontrolowanych instytucji. Ostateczna informacja o dostępności usług medycznych w Polsce powstała więc na bazie co najmniej setki rzetelnie zweryfikowanych dokumentów.
52 jednostki skontrolowali inspektorzy NIK, weryfikując sposób prowadzenia zajęć wychowania fizycznego w szkołach. W audycie tym wzięło udział 8 delegatur oraz Departament Nauki, Oświaty i Dziedzictwa Narodowego. Skontrolowano wybrane szkoły wyższe, średnie, podstawowe oraz gimnazja na terenie całego kraju. W rezultacie powstały dziesiątki protokołów i wystąpień pokontrolnych. Pracę Izby podsumowała obszerna Informacja o wynikach kontroli.
Kontrole NIK, w które zaangażowanych bywa nawet kilkanaście delegatur, muszą zostać wcześniej ściśle zaplanowanie i skoordynowane. Zanim kontrolerzy pojawią się w urzędzie, szkole czy zakładzie pracy, tworzony jest program audytu. Czasami konieczna jest kontrola rozpoznawcza. Zdarza się również, że podczas planowania działań w wybranym obszarze Izba organizuje spotkanie ekspertów. Na podstawie tych wstępnych czynności tworzony jest szczegółowy program kontroli, w którym określony jest m.in. termin, zakres i sposób prowadzenia audytu.
