Zgodnie z Traktatem o funkcjonowaniu Unii Europejskiej ETO kontroluje wszystkie unijne dochody i wydatki. Pełni rolę zewnętrznego kontrolera UE. Ma prawo skontrolować zarówno organy zarządzające unijnymi środkami, jak również osoby, które otrzymały płatności z budżetu Wspólnoty. Możliwość uczestnictwa i pomocy kontrolerów NIK przy audytach Trybunału w Polsce wynika z zapisów Traktatu (art. 287).
Inspektorzy NIK uczestniczą w kontrolach ETO w charakterze obserwatorów. Ich udział w audytach Trybunału zapobiega sytuacjom, w których unijni kontrolerzy mogliby błędnie zinterpretować, z uwagi na krajowe uwarunkowania, otrzymane informacje lub pominąć ważne dla kontroli fakty. Mogłoby to prowadzić do sformułowania błędnych wniosków. Współpraca ETO i NIK polega więc na pomocy w kontaktach z krajowymi podmiotami przewidzianymi przez Trybunał do kontroli. Izba pomaga także w uzyskaniu danych i dokumentów niezbędnych do przeprowadzenia audytu. Analizuje wstępne ustalenia kontroli ETO, a w uzasadnionych przypadkach zgłasza uwagi do tych ustaleń.
Podczas kontroli Trybunału inspektorzy NIK zdobywają wiedzę o potencjalnych nieprawidłowościach w obszarze gospodarowania środkami unijnymi. Wykorzystują ją potem przy programowaniu krajowych kontroli dotyczących wykorzystania tych środków.
Inspektorzy NIK asystowali w tym roku w 14 kontrolach ETO, m.in. w kontroli realizacji programów europejskich Szklanka mleka i Owoce w szkole oraz wykonania zadań w ramach działania Modernizacja gospodarstw rolnych.
