Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN zawarł 27 września 2000 r. umowę z "Keram Development" Sp. z o.o. o wspólnym przedsięwzięciu - budowie budynku o wysokim standardzie na gruncie użytkowanym przez PAN przy ul. Jazgarzewskiej 17 w Warszawie. Budynek miał przynosić PAN dochody z wynajmu pomieszczeń. "Keram" był współinwestorem, ale na podstawie odrębnej umowy spółka zobowiązała się do pełnienia funkcji inwestora zastępczego, czyli miała odpłatnie prowadzić całe przedsięwzięcie aż do jego zakończenia. Do rozliczeń przyjęto wartość nieruchomości przed rozpoczęciem budowy (na podstawie wyceny) 5,5 mln zł. Z powodu protestów okolicznych mieszkańców - rozpoczęcie inwestycji opóźniało się. Udział we wspólnym przedsięwzięciu stał się dla Akademii nieopłacalny, zaś wycofanie się z umowy groziło karą szacowaną na 7,9 mln zł. W tej sytuacji Prezydium PAN postanowiło sprzedać działkę "Keramowi". Ponieważ wartość nieruchomości przekraczała 50 tys. euro PAN zgodnie z wymogami prawa wystąpiła do Ministra Skarbu Państwa o zgodę na sprzedaż działki spółce "Keram". MSP odmówiło.
Mimo odmowy Ministra Akademia sprzedała nieruchomość potencjalnym nabywcom mieszkań w budynku wzniesionym przy Jazgarzewskiej (za pośrednictwem "Keramu") dzieląc posiadane prawo użytkowania wieczystego na 52 udziały. Wartość każdego z nich wynosiła mniej niż 50 tys. euro, wobec tego uznano, posługując się opiniami autorytetów prawniczych, że zgoda MSP nie jest już potrzebna. Minister Skarbu Państwa ocenił jednakże, że te transakcje zmierzały do obejścia przepisów i wniósł do sądów pozwy przeciwko PAN oraz nabywcom o unieważnienie umów. Do czasu zakończenia kontroli NIK sądy I instancji oddaliły 14 powództw, z których część po apelacji wróciła już do ponownego rozpoznania. W dniach 28 listopada 2008 r. oraz 22 grudnia 2008 r. Sąd Okręgowy w Warszawie wydał dwa pierwsze prawomocne wyroki oddalające apelacje Ministra Skarbu Państwa. Nabywcy i Skarb Państwa zostali uwikłani w długoletnie i kosztowne procesy sądowe.
NIK uważa, że zapisy umowy o wspólnym przedsięwzięciu w 2000 r. stwarzały ryzyko zaciągnięcia znacznych zobowiązań finansowych przez PAN na rzecz "Keramu" (przyjęto, że strony nie mogą wypowiedzieć umowy zaś, za jej zerwanie groziły wysokie kary). Izba uważa, że PAN postąpiła nierzetelnie nie informując zarówno Ministra Skarbu Państwa jak i Kancelarii Premiera o sprzedaży udziałów w nieruchomości. Zdaniem NIK, Minister Skarbu Państwa nie poddał kontroli sądowej umów na podstawie których rozpoczęto całą inwestycję, nie ustanowił ostrzegawczego wpisu w księdze wieczystej (co pokazałoby potencjalnym kupującym, że toczy się spór odnośnie pozwolenia na sprzedaż działki). NIK stwierdziła, że Ministerstwo Skarbu Państwa zleciło wykonanie wyceny działki przy Jazgarzewskiej dopiero po wystąpieniu do sądów z pozwami wobec PAN i nabywców o unieważnienie transakcji sprzedaży udziałów. Z wyceny wynika , że wartość nieruchomości wynosiła ponad 14 mln zł, a nie 6,4 mln zł - czyli tyle, ile wyniosła faktyczna cena jej sprzedaży. Ministerstwo nie wyjaśniło przyczyn rozbieżności wycen.
Sprawa "Jazgarzewskiej" (badana również przez prokuraturę i ABW) to negatywny przykład działań administracji prowadzący do podważenia zaufania obywateli do państwa. Nabywcy udziałów w prawie użytkowania wieczystego nieruchomości kupując je od instytucji państwowej mogli zakładać, że decyzja o sprzedaży była legalna, a stan prawny działki nie budził wątpliwości. Tymczasem zostali uwikłani w procesy sądowe - począwszy od spraw z powództwa Ministra Skarbu o unieważnienie transakcji poprzez skargi sąsiadów inwestycji.
Izba zaleciła Ministrowi Skarbu Państwa podjęcie inicjatywy by zmienić prawo i przyjąć systemowe rozwiązania uniemożliwiające sprzedaż majątku państwa o wartości powyżej 50 tys. euro poprzez podział na mniejsze części.
W wyniku przeprowadzonej kontroli NIK stwierdziła, że Polska Akademia Nauk nie uregulowała całości spraw związanych z posiadanym majątkiem. Nie opracowano strategii zarządzania nim, ani nie przeprowadzono inwentaryzacji.
Pieniądze znajdujące się na pozabudżetowym koncie PAN (pochodzące głównie ze sprzedaży nieruchomości) powinny być wydawane na rozwój nauki, promowanie nowatorskich badań. Tymczasem z tego konta sfinansowano m.in. wypłatę odszkodowania, wynagrodzenia za korzystanie z patentu i nagrodę dla jednego z profesorów - w setną rocznicę jego urodzin, pokryto koszty procesowe.
Księgi rachunkowe Akademii prowadzone były niezgodnie z przepisami, przez co roczne sprawozdania nie odzwierciedlały sytuacji majątkowej PAN.