NIK sprawdziła, jak urzędy marszałkowskie oraz wojewódzkie inspekcje ochrony środowiska zbierają i dzielą środki pochodzące z opłat i kar za korzystanie ze środowiska. Izba zbadała też wykorzystywanie tych pieniędzy przez powiaty i gminy. Wydając ogólną pozytywną opinię o kontrolowanych obszarach, w niektórych z nich kontrolerzy NIK stwierdzili jednak istotne nieprawidłowości.
W latach 2007-2008 w kontrolowanych przez NIK urzędach marszałkowskich wpływy z opłat za korzystanie ze środowiska zwiększyły się z 896 mln zł do 1.003 mln zł. W 4 z 6 badanych urzędów nie sprawdzano jednak rzetelności większości rozliczeń opłat, a w 2 robiono to przewlekle. Marszałkowie 3 województw zwlekali też z wydaniem decyzji ustalających wysokość opłat. W efekcie powiatowe i gminne fundusze ochrony środowiska otrzymywały należne im środki nieterminowo i w mniejszej wysokości.
Na koniec 2008 r. zadłużenie podmiotów korzystających ze środowiska spadło do 218 mln zł (na koniec 2007 r. 288 mln zł). W większości było to rezultatem prowadzonych wobec zadłużonych podmiotów postępowań restrukturyzacyjnych i upadłościowych. Długotrwałość egzekwowania opłat, a nawet przypadki jego zaniechania przez urzędy marszałkowskie spowodowały przedawnienie roszczeń w wysokości 342,5 tys. zł.
W kontrolowanych 7 wojewódzkich inspektoratach ochrony środowiska 22% postępowań o wymierzeniu kary pieniężnej za przekroczenie lub naruszenie warunków korzystania ze środowiska zostało wszczętych z opóźnieniem, a ich prowadzenie trwało niekiedy ponad 2 lata.
W latach 2007-2008 zadłużenie z tytułu kar uległo zmniejszeniu o 26,8% i na koniec 2008 r. wyniosło 7,4 mln zł. Nadal jednak w 5 inspektoratach występowały przypadki znacznych opóźnień w dochodzeniu roszczeń, sięgające nawet 6 lat.
Kontrolowane powiaty i gminy dysponowały środkami funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej przekraczającymi 190 mln zł. NIK ustaliła, że ponad 28 mln zł tej kwoty wydano nielegalnie, przeznaczając je na zadania inne niż ochrona środowiska i gospodarka wodna (m.in. remonty i utrzymanie dróg, zakup maszyn drogowych, a nawet budowę ścianki wspinaczkowej).
Spośród 21 kontrolowanych gmin tylko 10 uzyskało wpływy z opłat i kar za usuwanie drzew i krzewów. Stwierdzono też przypadki błędnego określania stawek, a nawet gatunków drzew, co spowodowało nieprawidłowe ustalenie opłat w wysokości 183,3 tys. zł.