NIK sprawdziła stan ochrony przed chorobami zakaźnymi zwierząt (bezpieczeństwo epizootyczne) w kraju. Zaplecze techniczne kontroli weterynaryjnej, szczególnie na granicy, spełnia wymogi prawa. W latach 2007-2009 służby celne nie dopuściły do wjazdu na teren RP 212 przesyłek (transporty zwierząt, mleka i jajek), które nie spełniały wymogów bezpieczeństwa. Także Państwowa Straż Pożarna - na wypadek wystąpienia zagrożenia masowym zachorowaniem zwierząt jest odpowiednio przygotowana do działań wspierających inspekcję weterynaryjną.
Skuteczne są również kontrole wewnątrz kraju. Polsce nie grożą masowe zachorowania zwierząt na choroby zakaźne (tzw. epizootia). Najgroźniejsze dla ludzi choroby zwierzęce, takie jak gruźlica bydła czy bruceloza, udało się zwalczyć. W walce z wieloma innymi - np. wścieklizną, białaczką, chorobą Aujeszkyego - uzyskiwane są dobre efekty. Zmniejszeniu uległa również liczba zakażeń drobiu salmonellą, choć pod tym względem nie udało się jeszcze osiągnąć wskaźników zakładanych przez UE.
NIK podczas kontroli bezpieczeństwa epizootycznego znalazła jednak wiele niedociągnięć, które w poszczególnych przypadkach mogły okazać się niebezpieczne w skutkach. Są one najczęściej wynikiem zwykłych ludzkich zaniedbań. Izba ma np. zastrzeżenia do 11 przypadków, w których celnicy nie skierowali przesyłek do kontroli weterynaryjnej, choć powinni to zrobić (przejścia w Bezledach i Koroszczynie). Kontrolerzy zwrócili również uwagę, że część przesyłek kierowana jest do badań z opóźnieniem. Największe z nich sięgało 42 dni. Taka zwłoka może być groźna. W jednym z konkretnych przypadków opóźnienie dotyczyło zwierzęcia zarażonego, jak się okazało, nosacizną, którego mięso miało być przeznaczone na stoły.
Powiatowi lekarze weterynarii zbyt często zaniedbywali przekazywanie informacji o stwierdzeniu choroby podlegającej zwalczaniu do lekarza wojewódzkiego. Stało się tak w 9 na 15 skontrolowanych przypadków (we wszystkich skontrolowanych (trzech) powiatowych inspektoratach weterynarii -w Puławach, Opolu Lubelskim i Łukowie). Przynajmniej jeden był potencjalnie bardzo niebezpieczny - w wyniku takiego zaniedbania do mleczarni nie dotarła informacja o wystąpieniu białaczki w jednym ze stad (Łuków). NIK zaniepokojona jest również faktem, że Główny Lekarz Weterynarii nie opracował do tej pory planów gotowości zwalczania niektórych egzotycznych chorób zwierzęcych, których pojawienia się w Polsce nie można wykluczyć.
Kontrola bezpieczeństwa epizootycznego, którą przeprowadziła NIK, jest częścią międzynarodowego badania. Podobne kontrole przeprowadziły także zagraniczne odpowiedniki NIK-u: litewski i słowacki. Wschodnie granice: polska, litewska i słowacka są jednocześnie zewnętrznymi granicami UE i strefy Schengen. Wspólna ocena bezpieczeństwa na tej granicy jest pozytywna.
